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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-04-19 07:25:27, GGGenome : Chicken genome, Gallus_gallus-5.0/galGal5 (Dec, 2015)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

chr2:3581379-3581393
ACTTCACACTCTACTTGCACAGAGTTAAAA3581379TTCATTGACAACATTGCTCTAAATCATCAGACAAGGATGTAATGG
chr14:14568282-14568296
AAGAGGGGGTGGTGAGAGAGGAAGCTGTGC14568282TTCATTGACAACATTCCTTGATGTTGTTGCCACTGGTAGAGTGGA
chr21:738706-738720
TGCAGCAAATATTTTAAAGAAAACATGAAA738706TTCATTGACAACATTAATCAACAAATATTATTCAACTTATATTGG
chrZ:49987798-49987812
CATGATAACAATCTGTGTCATGTAATTGAG49987798TTCATTGACAACATTTAAGTAATCCATAGCTCGTTTCCATTGTTC
chr3:93447939-93447953
TAGCAGACTTGTAACCTTTATGAATCTGTA93447939AATGTTGTCAATGAAATGGCTTCTAAAGATGATTAAACACCATAT
chr4:11295649-11295663
TTCAGGGTACAGCCACAGTCCCTGATGTTA11295649AATGTTGTCAATGAAATGTCATGAGTGCTGTTCTGCAATAAGGCT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/galGal5/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : galGal5 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.083 | 0.074 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28755/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.087 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28755/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=46
0.088 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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