GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-04-20 06:26:56, GGGenome : Marmoset spliced RNA, TRaC 21.01 on calJacRKC1912, D3G 21.01 (Jan, 2021)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

TRaC2101L1e5a5;ENSCJAG00000014861|RBMS1|chr6:92541779:92686106:-|spliced::chr6:92541779-92686106(-)
position: 1297-1311
AAGTTCCAAAGTAAATTTGCATTATATGCT1297AATGTTGTCAATGAATAGAATATAAATGTGCTACTTTGCTGCAAT
TRaC2101L1e5a6;ENSCJAG00000014861|RBMS1|chr6:92548603:92606985:-|spliced::chr6:92548603-92606985(-)
position: 1132-1146
AAGTTCCAAAGTAAATTTGCATTATATGCT1132AATGTTGTCAATGAATAGAATATAAATGTGCTACTTTGCTGCAAT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/calJacRKC1912_Trac2101_spliced_d3g2101/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : calJacRKC1912_Trac2101_spliced_d3g2101 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.008 | 0.008 | search_start;
0.078 | 0.070 | search_plus_done; http://172.18.8.75:28853/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.082 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.75:28853/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.084 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).