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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2024-03-28 18:27:35, GGGenome : Actinidia chinensis genome

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

Chr13
position: 17114939-17114953
TTAAAGAAAGCCCACCTGGGTAAACCTGAA17114939AATGTTGTCAATGAAAAGCAGCACATCCTGCCCTTCAGCATCTCG
Chr23
position: 13443795-13443809
ACAGATCAAAAAAACTGACGCCAGGGGCAA13443795AATGTTGTCAATGAAAGTATGGGAGTAGTTTGATTGGGTAAGCCC
Chr24
position: 15777400-15777414
AGGGATCAACATAACCTGAGGCCTGAACAA15777400AATGTTGTCAATGAATAATTTCTATATTCAGATGTTTTGGTTATG
Chr01
position: 15707602-15707616
AATACTATTTAACAGGAAAAACTTATGTAT15707602TTCATTGACAACATTAAATAAGGATTACAGTCAAGTAACGTACCA
Chr29
position: 6249531-6249545
CGAGATGCTGAAGGGCAGGATGTGCTGCTC6249531TTCATTGACAACATTTTCAGGTTTACCCAGGTGGGATTGCTTTTT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/A_chinensis_Hongyang/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : A_chinensis_Hongyang | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug :

0.009 | 0.009 | search_start;
0.081 | 0.073 | search_plus_done; http://172.18.8.72:28281/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.087 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.72:28281/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.088 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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