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データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-23 18:57:27, GGGenome : Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic primers (7 CoV + 20 organisms in US EUA), NIHS 2020/5/1

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

NZ_CP009913.1 Streptococcus salivarius strain NCTC 8618 chromosome, complete genome
position: 336794-336808
AATTTGTGTTTTCATATAAAATCCTTTCAG336794AATGTTGTCAATGAATAAAATTGTTTAGCCAACTGAAATATCAGT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/COVID19-primercheck-EUA-20200501/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : COVID19-primercheck-EUA-20200501 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.085 | 0.076 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28832/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.088 | 0.003 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28832/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.090 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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