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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-12-27 11:39:39, GGGenome : Onchocerca volvulus genome, Cameroon_v3 (Nov, 2013)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

OVOC_OM4 dna:supercontig supercontig:Cameroon_v3:OVOC_OM4:1:16048563:1
position: 15918377-15918391
AAAGATTCAGTTACAAAGACCAACGATGCA15918377AATGTTGTCAATGAACAAAATTCAGATACCCAACAGCTGGTATTA
OVOC_OM1b dna:supercontig supercontig:Cameroon_v3:OVOC_OM1b:1:28345163:1
position: 21242278-21242292
ATCTTGCAAATTAATATATGTTATCAAAGA21242278AATGTTGTCAATGAAGCGAAGTATACTTGAAACTTACTACATTAT
OVOC_OM4 dna:supercontig supercontig:Cameroon_v3:OVOC_OM4:1:16048563:1
position: 10440687-10440701
GACTCATTCGTTCGGAATTGATATTACAAC10440687TTCATTGACAACATTATCATAATTAATGGGAAATTAGTATCATGA
OVOC_OM1b dna:supercontig supercontig:Cameroon_v3:OVOC_OM1b:1:28345163:1
position: 19041214-19041228
ATATTATCTCTTTGCTCCAAATCATGCGCT19041214TTCATTGACAACATTACTGTTATAAAATTATCGTGTTGAGAAAGT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/Cameroon_v3/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : Cameroon_v3 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.083 | 0.074 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28155/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.088 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28155/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.089 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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