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データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2024-04-29 17:21:14, GGGenome : Capsella rubella genome, v1.0

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

scaffold_6:2823236-2823250
CGTGATGCGGAAGGCCAAGATGTCTTGCTT2823236TTCATTGACAACATTTTCCGATTTACTCAGGTGAGCCTTGTTCGC
scaffold_7:958387-958401
CGTGATGCTGAAGGCCAAGATGTCTTGCTT958387TTCATTGACAACATTTTCCGTTTCACTCAGGTTAGCCTTGTTCGT
scaffold_6:2819239-2819253
ACGAACAAGGCTCACCTGAGTGAAACGGAA2819239AATGTTGTCAATGAAAAGCAAGACATCTTGGCCTTCGGCATCACG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/Crubella_v1/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : Crubella_v1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug :

0.009 | 0.009 | search_start;
0.095 | 0.085 | search_plus_done; http://172.18.8.74:28292/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.100 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.74:28292/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.101 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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