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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-12-26 22:29:27, GGGenome : Prunus persica genome, v2.1

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Pp03:6492610-6492624
TATGTAATCAATAATGCTATTTGTCATATA6492610TTCATTGACAACATTGTTATTTTGTATTATATTTACCGACCACAT
Pp03:19911118-19911132
AGGTTTTGATGCCAAGCCACATGTGAGGCT19911118TTCATTGACAACATTTTCTTGCATTAAAAAATTCTAAGGGTACAA
Pp04:4305209-4305223
AATATAGTAGATGAAGGTTGAATCTGGATT4305209TTCATTGACAACATTCAAAAAGGGGTGTATTTGAATGAAAAAGTT
Pp04:6065501-6065515
GAAGTTTTCCTCTGTTCGGTTTAATTGTTT6065501TTCATTGACAACATTGGATCATGGTTAGAATTTCAAGATAAACAG
Pp07:14245327-14245341
AACAAACAATTTTAGTAAGTGAAATCTTAA14245327TTCATTGACAACATTCTACAGGAATTTATTAATCTATCTTTTCAG
Pp02:14948920-14948934
TTGTTTCTCTTGAAATTCTAACCATGATCC14948920AATGTTGTCAATGAAAAACAATTAAACCGAACAGAGGGAAACTTC
Pp04:12291272-12291286
TACATGCAAATATTCTTCCATACGCTTTTG12291272AATGTTGTCAATGAAATTTAGGAGGAGATGGTGAAGGAAGGAAGA
Pp07:2954026-2954040
CTGTTTATCTTGAAAGTCTAACCATGATCC2954026AATGTTGTCAATGAAAAATAATTAAACCGAACAGAGAGAAACTTC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/Ppersica_v2.0/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : Ppersica_v2.0 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.078 | 0.069 | search_plus_done; http://172.18.8.74:28308/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.084 | 0.006 | search_minus_done; http://172.18.8.74:28308/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.085 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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