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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-12-27 12:03:10, GGGenome : Setaria italica genome, JGIv2.0 (Jan, 2012)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

3 dna:chromosome chromosome:JGIv2.0:3:1:50652576:1
position: 17158795-17158809
ATGCCTGAGCTCGACAATTTTATCGTGGTC17158795TTCATTGACAACATTCTAATCTACTCGAAGGATGAGAAGGAACAT
8 dna:chromosome chromosome:JGIv2.0:8:1:40690061:1
position: 25794060-25794074
ATGCCCGAGCTTGACAAGTTTGTCATTGTT25794060TTCATTGACAACATTCTTGTATATTCCAAGAATGAAGAGGAACAT
3 dna:chromosome chromosome:JGIv2.0:3:1:50652576:1
position: 37794145-37794159
GTGCTCTTCTGCTGTTTCTAAGTAGATCAG37794145AATGTTGTCAATGAATACTACCACAAACTTGTCCAACTCCTCCAT
4 dna:chromosome chromosome:JGIv2.0:4:1:40408058:1
position: 39713995-39714009
ATACGAATGTTGACGTTTTAAATCTGTAGT39713995AATGTTGTCAATGAACTGGTAGATGGCTCCTGTGTATTCGAGAAA
5 dna:chromosome chromosome:JGIv2.0:5:1:47253416:1
position: 44100662-44100676
CAAGCTTAACTGTCAACCATTAGAAATTAA44100662AATGTTGTCAATGAACTTGAATGAGCAAGTTTGTTGAACTGGTAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/Setit_JGIv2.0/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : Setit_JGIv2.0 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.082 | 0.073 | search_plus_done; http://172.18.8.75:28196/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.087 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.75:28196/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.089 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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