GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-04-19 21:33:16, GGGenome : Xenopus tropicalis genome, XenBase/JGI 7.1

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

scaffold_4:
66453287-66453301
CCAATAGCTTTGGGAATGAGCAGTGTAAGC66453287AATGTTGTCAATGAAACAAAATTATACAGGCCAATAACTTATTAT
scaffold_1:
179364307-179364321
ATAGGGTTCAGTTATGACTGCAACTGTGCG179364307TTCATTGACAACATTTATCCAGGTTTCTTCTGTGCAAATCGCTCC
scaffold_2:
108736489-108736503
AGGGAGTGGTGTGTGGAACTGGTATTCCAG108736489TTCATTGACAACATTACCTTGAAATAAATGGGGTTTGGAGGCAGA
scaffold_7:
76181911-76181925
ACGGGCATCTGAAAATGTGAAAATACCACA76181911TTCATTGACAACATTGTATTGAGAAGTTTATAAAATAATGTGAAG
scaffold_45:
419397-419411
CACTCTCACAATATTCAATATTTTGGTTGC419397TTCATTGACAACATTATTCTTATATGGTCCGGTACCGATGAACAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/Xentr7/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : Xentr7 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.082 | 0.073 | search_plus_done; http://172.18.8.77:28225/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.086 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.77:28225/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.089 | 0.003 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).