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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-04-28 23:16:36, GGGenome : Brown kiwi genome, MPI-EVA AptMant0/aptMan1 (Jun, 2015)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

NW_013991530v1:430179-430193
CTCGGAGATCCCTTCTCACCATGGGAAGAC430179TTCATTGACAACATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
NW_013995860v1:44255750-44255764
TTATTTTAACAGTGGGGCTTTTTTTTTTTT44255750TTCATTGACAACATTTAAAGTTAATCCAGTGGCTATGAATGTCAG
NW_013996185v1:308523-308537
TACTTTGGGGCTTTTACCAGAAATACAACA308523TTCATTGACAACATTCAAAACTATCTCCAAATATGTTCTGGATGC
NW_013997578v1:11998661-11998675
GGCTTGCTAGAATGAAGCTGCCTTTTTAAG11998661TTCATTGACAACATTAAACAACCTTCTTGAGTGTTTATTGTGAAA
NW_014004943v1:1170596-1170610
GTCTAGCATAATTATCAAGCTTAGCTGCGT1170596TTCATTGACAACATTCTATCTAACCTGGTGAGGTAATTTTAGCTT
NW_014004943v1:8260848-8260862
AGTTGAAATCACACAACAAAGTTTCGCTGT8260848TTCATTGACAACATTCTTTAAGAAGCAATTGTCAGCAGACAAATG
NW_013990105v1:4693348-4693362
AGAGTTCCCCCATACTCCTTTAACCAAATA4693348AATGTTGTCAATGAAATGCTTTTCCATTTAAATGTATCAGTTCAT
NW_014005053v1:8197-8211
GAACAATGGAAGCGAGCTATGGATTATCTG8197AATGTTGTCAATGAACTCAATTACATGACACAGATTGTTATCATG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/aptMan1/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : aptMan1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.078 | 0.070 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28753/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.082 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28753/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=44
0.083 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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