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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-22 23:37:20, GGGenome : Silkworm genome, ASM15162v1 (Feb, 2013)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

BABH01050344:420-434
TGGTATAATCCGAGGTTATAGTTAAAAAAA420AATGTTGTCAATGAACCAAAAAATTCAATACTTATTTTACAGTCA
scaf77:172290-172304
CACTTCTGATCCAGCCTGAGTGAAACGGAA172290AATGTTGTCAATGAAGAGCAGTACATCCTGTCCTTCTTGATCACG
scaf49:986324-986338
CTTTTTTGTTTTAAACTACAAAGAAGCCTT986324AATGTTGTCAATGAAATTTTTTAAAACAGGTTAGGGTTGTCTAAT
scaf18:2916064-2916078
CAATAAAATATCTCGTATTATGATGACAGT2916064AATGTTGTCAATGAAATGGTAGTTTTAAACATAAATGTCGTTTGT
scaf18:3860294-3860308
AGTTGAATCAATCTGTATAGTTTATAAGTG3860294AATGTTGTCAATGAAATAGTATTATAATAGGCTACTTCAGATTAT
scaf107:797649-797663
CGGGTAGTGTTATTGTTAGAACATAGGACA797649TTCATTGACAACATTATCAAGATAAGTCTGCCTATACAGGGTGTC
scaf77:205831-205845
CGTGATCAAGAAGGACAGGATGTACTGCTC205831TTCATTGACAACATTTTCCGTTTCACTCAGGCTGGATCAGAAGTG
scaf51:1555036-1555050
ACAAATCTCAGTAAATTTACTTTAGAATTT1555036TTCATTGACAACATTACGGAGTGAACTAACACAATGATACATAGA
scaf24:955300-955314
ACGAATGTTTCCGCTATTTCTGTTAAATTT955300TTCATTGACAACATTGTAGCATACAAGTTTAAAGACTTGCACAGA
scaf3:513724-513738
TTCCAGCTCGAAGGTAATATTTTAGTAAAT513724TTCATTGACAACATTTGGTATTCAAGATATACACTATAGTGTGCA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ASM15162v1/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : ASM15162v1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.082 | 0.073 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28136/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.088 | 0.007 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28136/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.092 | 0.003 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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