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検索例
検索結果へのリンク
- http[s]://GGGenome.dbcls.jp/db/k/[strand]/[nogap]/sequence[.format][.download]
- db →
hg38, mm10, dm3, ce10, TAIR10, pombe, refseq, etc. 省略時は hg38
検索可能なデータベース一覧
- k →
許容するミスマッチ/ギャップの数。あまり大きいとしぼうする。省略時は 0
- strand →
'+' ('plus') または '-' ('minus') で特定の方向のみ検索。省略時は両方向を検索
- nogap →
ギャップを許容せず k 塩基以内のミスマッチのみ許容して検索する
- sequence →
塩基配列。大文字・小文字は区別しない
- format →
html, txt, csv, bed, gff, json。省略時は html
- download →
URLの最後に付加すると検索結果をファイルとしてダウンロードできる
- 例1:https://GGGenome.dbcls.jp/TTCATTGACAACATT
- ヒトゲノム hg38 (省略可) で
- ミスマッチ/ギャップを許容せず (省略可)
- TTCATTGACAACATT を検索し
- html 形式 (省略可) で結果を返す
- 例2:https://GGGenome.dbcls.jp/mm10/2/+/nogap/TTCATTGACAACATTGCGT.txt
- マウスゲノム mm10 で
- 2 ミスマッチまで許容して
- + 方向に限定して
- ギャップを許容しない nogap モードで
- TTCATTGACAACATTGCGT を検索し
- txt 形式 (タブ区切りテキスト) で結果を返す
新着情報
- 2024-12-27 RefSeq rel. 227 (Nov, 2024) に更新。
- 2024-08-19 GENCODE ヒト 46 (May, 2024) および マウス M35 (May, 2024) に更新。
- 2024-08-19 DDBJ rel. 134.0 (Mar, 2024) に更新。
- 2024-05-31 ヒトゲノム T2T-CHM13v2.0 (Jan, 2022) を追加。
- 2024-05-04 理研のpre-spliced & spliced RNAデータベースD3G 24.03 (Mar, 2024) に更新。
- 2021-05-10 GGGenomeの新しいロゴを公開。
- 2020-11-07 マウスゲノム GRCm39/mm39 (Jun, 2020) を追加。
- 2020-03-21 新型コロナウイルス SARS-CoV-2 ゲノムを追加 -
コロナ更新情報
- 2020-03-21 日本人基準ゲノム配列 JG1 を追加。
- 過去の新着情報 および データベースの追加更新リスト
GGGenome by
@meso_cacase at
DBCLS
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