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データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2024-11-22 15:41:43, GGGenome : Glycyrrhiza uralensis genome, release 1 (Aug, 2016)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

Scaffold00095
position: 191872-191886
AATGTACAGCTATTTACAGATCAACCATCT191872AATGTTGTCAATGAAAGCACTKTTCCCCTTGTTATGGAAAAAATT
Scaffold05586
position: 3659-3673
TTAATTAGTTGTTGGTCATAGCAAGGTAAC3659AATGTTGTCAATGAAAAGTTAGAGACGATGCAGGGTCAAGTTCAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/Gur1/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : Gur1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug :

0.009 | 0.009 | search_start;
0.083 | 0.074 | search_plus_done; http://172.18.8.72:28749/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.087 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.72:28749/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.087 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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