GGGenome | Results

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2025-04-09 14:44:06, GGGenome : Human Japanese Reference Genome, JRGv2 (Jun, 2017)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

chr1
position: 83221488-83221502

CTAATTAATGAATAGTAAGTATATTTTCTC83221488TTCATTGACAACATTTTTCCTCTTACTTTATTGTAAGAATACAAT

chr2
position: 160602807-160602821

ATTGCAGCAAAGAAGCACATTTATATTCTA160602807TTCATTGACAACATTAGCATATAATGCAAATTTACTTTGGAACTT

chr3
position: 15269641-15269655

ATTGTAATAGCCAGAAATTGGAAACATATA15269641TTCATTGACAACATTTAAGATTATAATATAGTCATATAATAGTCC

chr3
position: 84704196-84704210

TTGGTTTTGTATATATTAAATAGTTGAAAC84704196TTCATTGACAACATTAAGTTTGTTTTCTAGGCTCTATTGGGATAA

chr4
position: 16164477-16164491

AACGAAAGGCGTTTGAGGAAAGCCTGATAA16164477TTCATTGACAACATTACCATCAACCACACCTTACCATTCCTAGGA

chr4
position: 62299265-62299279

TCTTCAAATATTTTACAGAGTTCAACTCTT62299265TTCATTGACAACATTATGACATTATGCTGATTGGATCCAGTGAGT

chr4
position: 149150088-149150102

CAGAATATATTATCGCTTTAAACACAGATT149150088TTCATTGACAACATTTTGTGGGCACCCATTTAATATTAATATTAA

chr4
position: 166068335-166068349

AAAAACGTCTGATTTTGTGTAACACTCCTT166068335TTCATTGACAACATTAAACAGCAATTAACTATTTGCTGATTACAT

chr6
position: 62092968-62092982

CTATTTCAATCAACCATCTTGTAATCATAC62092968TTCATTGACAACATTTTACTCATACTATAATAAGTTGCTATTTCT

chr7
position: 3535169-3535183

GTGGTGCCTGGCCTGAGTCAGCTCATTAGC3535169TTCATTGACAACATTGGTTCGTTCAACAAATATTGCCTGAGAAGA

chr8
position: 31551104-31551118

GTATTTTTAAATTCATCGATATTTCCACTT31551104TTCATTGACAACATTATTAAGTTTTATTGTGTCTCTTTTTTCAAA

chr11
position: 24566555-24566569

TTGAGTTTCCTGGAACATAGATATGTCTTG24566555TTCATTGACAACATTCTAGCATTGAGGACAGTGAATAGAGAAAAG

chr13
position: 84286347-84286361

GCAGTCTGGAGGTTCTCCCTGGAGGCTGTA84286347TTCATTGACAACATTTCCTGAGGTAACTCACACTGAGGTGACAAC

chr18
position: 29618845-29618859

ATATTTATATATGTATATATTTCATATTAT29618845TTCATTGACAACATTTACTTGGGAGATTTGTCTCAACAAAAATTA

chr19
position: 41212742-41212756

AAGCCACCACACCCGGCCTATCTTAGCTTT41212742TTCATTGACAACATTAGTATAATGTTAACAGCTCTCCTAAGGGAG

chr2
position: 196491420-196491434

AATGCCCCACATTTCATTAAGGGTGATGAC196491420AATGTTGTCAATGAAGAAGTTGCTTCTCATATAACTATACTGTCA

chr3
position: 57292561-57292575

GCCTGTTTTTCATATGCATATGTAATAGGG57292561AATGTTGTCAATGAAAACACAATAGTATTTGGAGTGCAGCATAGT

chr3
position: 97644854-97644868

AATTTGAATATTAATTTTAAAATTTATTCA97644854AATGTTGTCAATGAACATTGTCAGACATTTTGCAGCATTTCTTTA

chr5
position: 9785641-9785655

GAGGGCCTTTCCAGCTCCAAAGTCGATGGC9785641AATGTTGTCAATGAAAGATCAACAGATCAGTGCATTATACCCAGG

chr7
position: 34175603-34175617

TCTACAGATTTTGGATTTACCAGCCCCCAC34175603AATGTTGTCAATGAATTCCTTAAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTC

chr7
position: 78863678-78863692

AACTAACACCCATAAAAGGTATGACTCTTT78863678AATGTTGTCAATGAAGATTTAACATAATATTCTATAACAAATATA

chr12
position: 79276150-79276164

ATAAGATAGGTTTGTTCCAGAAGTTTAAAA79276150AATGTTGTCAATGAATTTGATAAAGTTTAATATTCACATTAAAAG

chr19
position: 41043557-41043571

CTCCCTTAGGAGAGCTGTTAACATTATACT41043557AATGTTGTCAATGAAAAAGCTAAGATAGGCCAGGCATGGTGGCTC

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Debug Info:

0.009 | 0.009 | search_start;
0.082 | 0.073 | search_plus_done; http://172.18.8.72:28263/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.096 | 0.014 | search_minus_done; http://172.18.8.72:28263/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=35
0.101 | 0.005 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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