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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-25 07:21:46, GGGenome : Rhodnius prolixus genome, RproC1 (Dec, 2010)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

GL562992 dna:supercontig supercontig:RproC1:GL562992:1:1757953:1
position: 813942-813956
ATCAGCATGTACCCAATATTTCATTCATAC813942TTCATTGACAACATTTAGGTAATTTTATTGCGTTAAGATTAAGAA
GL547163 dna:supercontig supercontig:RproC1:GL547163:1:14033:1
position: 9929-9943
GTGAAATAAGAATAATAGCTAAATGTAATC9929AATGTTGTCAATGAATAATTTTATAACCATTACTTCTTTTGAAAA
GL563051 dna:supercontig supercontig:RproC1:GL563051:1:2063577:1
position: 366113-366127
AAAGAACTAACTTATTCTTACATCGTCAGT366113AATGTTGTCAATGAAATATTGAATTACAGCTTGCGGCTCTAAATT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/RproC1/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : RproC1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.083 | 0.074 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28157/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.088 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28157/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.089 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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