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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-03-15 02:35:47, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

RS2DU78JQ RS2(RS) Raphanus sativus cDNA 3', mRNA sequence.
EY935341.1:486-507
ACACGCATACCTTGCTTATACTCATATAAA486CATGACACACAAACATCCAACCCGTCTCCAAAACTCTAATAAACTGTGTACC
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 5.
LR778314.1:38553926-38553947
ACTCGCATACCTTGCTTATACTCATATAAA38553926CATGACACACAAACATCCAACCCGTCTCCAAAACTCTTATAAACTGTGTACC
RS2DU78TF RS2(RS) Raphanus sativus cDNA 5', mRNA sequence.
EY939401.1:373-394
GGTACACAGTTTATTAGAGTTTTGGAGACG373GGTTGGATGTTTGTGTGTCATGTTTATATGAGTATAAGCAAGGTATGCGTGT
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 1.
LR778310.1:21383546-21383567
GGTACACAGTTTATTAGAGTTTTGGAGACG21383546GGTTGGATGTTTGTGTGTCATGTTTATATGAGTATAAGCAAGGTATGCGTGT
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 2.
OY743208.1:5064208-5064229
GGTACACAGTTTATAAGAGTTTTGGAGACG5064208GGTTGGATGTTTGTGTGTCATGTTTATATGAGTATAAGCAAGGTATGCGAGT
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 6.
OY743212.1:21383546-21383567
GGTACACAGTTTATTAGAGTTTTGGAGACG21383546GGTTGGATGTTTGTGTGTCATGTTTATATGAGTATAAGCAAGGTATGCGTGT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CATGACACACAAACATCCAACC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CATGACACACAAACATCCAACC | format : html | download : | debug : 

0.008 | 0.008 | search_start;
0.172 | 0.163 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CATGACACACAAACATCCAACC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.275 | 0.103 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GGTTGGATGTTTGTGTGTCATG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.277 | 0.003 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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