GGGenome | Results

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2025-04-09 12:57:36, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

GR__Eb0035A19.f GR__Eb Gossypium raimondii cDNA clone GR__Eb0035A19 5', mRNA sequence.
CO105072.1:647-666

TTCAATTAGCATGCAGAGGCCTTGCTGCGC647CCAAAAGCACTCGCAATTTTAAAGTTTATTAAACCATGCCCAATTAGAAA

Gossypium raimondii isolate D5-4 chromosome D5_07.
CP032559.1:7717737-7717756

TTCAATTAGCATGCAGAGGCCTTGCTGCGC7717737CCAAAAGCACTCGCAATTTTAAAGTTTATTAAACCATGCCCAATTAGAAA

Gossypium bickii isolate GPG1lz chromosome 7.
CP106719.1:10701402-10701421

TTCAATTAGTATGCAGAGGCCTTGCTGCGC10701402CCAAAAGCACTCGCAATTTTAAAGTTTATTAAACCATGCCCAATAAGAAA

Gossypium rotundifolium isolate GPK201 chromosome 7.
CP106728.1:14259572-14259591

TTCAATTAGTATGCAGAGGCCTTGCTGCGC14259572CCAAAAGCACTCGCAATTTTAAAGTTTATTAAACCATGCCCAATTAGAAA

Limnephilus rhombicus genome assembly, chromosome: 18.
OV815288.1:22476791-22476810

CAAAGTAATCAGGGACGTGCAGGGTCACTG22476791CCAAAAGCACTCGCAATTTTGAAGAAATTAAATGGCGGCTGGCTGCTTAC

A10_P-13_070 Cotton 1-14 day post anthesis Lambda Zap Express Library Gossypium hirsutum cDNA, mRNA sequence.
EX165352.1:254-273

TTTCTAATTGGGCATGGTTTAATAAACTTT254AAAATTGCGAGTGCTTTTGGGCGCAGCAAGGCCTCTGCATACTAATTGAA

A10_P-13_070 Cotton ovule and fiber 3-5 days post anthesis Gossypium hirsutum cDNA, mRNA sequence.
EY196992.1:254-273

TTTCTAATTGGGCATGGTTTAATAAACTTT254AAAATTGCGAGTGCTTTTGGGCGCAGCAAGGCCTCTGCATACTAATTGAA

EST009676 Gossypium barbadense L. line 3-79 fiber normalized cDNA library Gossypium barbadense cDNA clone 43-K21 5', mRNA sequence.
GR716476.1:182-201

TTTCTAATTGGGCATGGTTTAATAAACTTT182AAAATTGCGAGTGCTTTTGGGCGCAGCAAGGCCTCTGCATACTAATTGAA

E10-061E10 Gossypium barbadense L. line Hai7124 -3 to 5 dpa fiber cDNA library Gossypium barbadense cDNA, mRNA sequence.
JK798661.1:273-292

TTTCTAATTGGGCATGGTTTAATAAACTTT273AAAATTGCGAGTGCTTTTGGGCGCAGCAAGGCCTCTGCATACTAATTGAA

Gossypioides kirkii chromosome KI_07.
CP032249.1:31814054-31814073

TTTCTAACTGGGCATGGTTTAATAAACTTT31814054AAAATTGCGAGTGCTTTTGGGCGCAGCAAGGCCTCTGCATACTAATTGAA

Gossypium turneri isolate D10-2 chromosome D10_07.
CP032577.1:46134536-46134555

TTTCTAATTGGGCATGGTTTAATAAACTTT46134536AAAATTGCGAGTGCTTTTGGGCGCAGCAAGGCCTCTGCATACTAATTGAA

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Debug Info:

0.008 | 0.008 | search_start;
0.146 | 0.137 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CCAAAAGCACTCGCAATTTT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.473 | 0.327 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AAAATTGCGAGTGCTTTTGG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.477 | 0.004 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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