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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-19 22:51:54, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Brassica napus cultivar Xiang5A chromosome 9.
CP123884.1:59551154-59551175
ATAGCTTATAGGCCCATTTTTAATCAGCGA59551154GCACAGAGCTTTGAAGCGACTAAGAGCTCGTATAGGTTGTCACTTGCCAGGT
Brassica rapa subsp. pekinensis cultivar Inbred line 'Chiifu' clone KBrH007A03, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, 3 ordered pieces.
AC189559.2:131380-131401
ATACAGCGTTGAACGGCCTATACGAGCTCT131380TAGTCGCTTCAAAGCTCTGTGCTCGCTGATTAAGAATGGGGCCTATAAGCTA
Brassica napus cultivar Xiang5A chromosome 1.
CP123876.1:5748332-5748353
ATACAGCGTTGAACGGCCTATACGAGCTCT5748332TAGTCGCTTCAAAGCTCTGTGCTCGCTGATTAAGAATGGGGCCTATAAGCTA
Brassica napus genome assembly, chromosome: C02.
HG994366.1:7347381-7347402
ACCTGGCAAGTGACAACCTATACGAGCTCT7347381TAGTCGCTTCAAAGCTCTGTGCTCGCTGATTAAAAATGGGCCTATAAGCTAT
Brassica oleracea HDEM genome, scaffold: C2.
LR031874.1:8744016-8744037
ACCTGGCAAGTGACAACCTATACGAGCTCT8744016TAGTCGCTTCAAAGCTCTGTGCTCGCTGATTAAAAATGGGCCTATAAGCTAT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GCACAGAGCTTTGAAGCGACTA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GCACAGAGCTTTGAAGCGACTA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.093 | 0.085 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GCACAGAGCTTTGAAGCGACTA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.117 | 0.024 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TAGTCGCTTCAAAGCTCTGTGC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.120 | 0.003 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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