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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-22 15:16:37, GGGenome : Fugu genome, FUGU5/fr3 (Oct, 2011)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

HE595325:5479-5493
ACAAACAAAAATTCGGATGGCTTGGAAATC5479AATGTTGTCAATGAAAAAACTTAACTAGTGTGGCGAGTGAGAGGT
chr6:1730650-1730664
GATTTAAAAATATATATATTTATTTTTTAC1730650TTCATTGACAACATTGTCTTAGTTGTGACTGATTAATACTATGAT
chr10:2982838-2982852
TATATTTTTATAATACAGATTATAATTCTT2982838TTCATTGACAACATTTCATTTTCTATTCAAAGTGGATTTTTTCAC
chr13:2078246-2078260
GTACAAATATTCATAAGGATAGCCCATTTC2078246TTCATTGACAACATTTGGTTTAAGGGGAAAATAATTTTACTACAA
chr22:11291069-11291083
TGCCACTGTTCTTTTACTGGACCACTGCAG11291069TTCATTGACAACATTAAATATCCCATACATGATTTAAAGACTATT
HE591887:108500-108514
ACCTCTCACTCGCCACACTAGTTAAGTTTT108500TTCATTGACAACATTGATTTCCAAGCCATCCGAATTTTTGTTTGT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/fr3/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : fr3 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.008 | 0.008 | search_start;
0.082 | 0.074 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28075/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.086 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28075/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.087 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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