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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-22 09:12:55, GGGenome : Crab-eating macaque pre-spliced RNA, refGene on macFas5, D3G 19.06 (Jun, 2019)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

NM_001285042|SYT1|chr11:78209033:78691996:+|prespliced
position: 131586-131600
GTAAGATAGGTTTGTTCCAGAAGTTTAAAA131586AATGTTGTCAATGAATTTGATAAAATTTAATATTCACATTAGAAG
NM_001283163|CYP2G2|chr19:41593066:41606891:-|prespliced
position: 1473-1487
TTCCCTTAGGAGAGCTGTTAACATTATACT1473AATGTTGTCAATGAAAAGCTAAGATAGGCCAGCATGGTGGCTCAC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/macFas5_refGene_prespliced_d3g1906/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : macFas5_refGene_prespliced_d3g1906 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.079 | 0.071 | search_plus_done; http://172.18.8.75:28803/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.083 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.75:28803/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.085 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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