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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-24 04:12:29, GGGenome : Medaka genome, NIG/UT MEDAKA1/oryLat2 (Oct, 2005)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

chr2:28980457-28980471
TTTCTTTTGTGAGGGGCCTGCACCACAGAG28980457AATGTTGTCAATGAACTGGCTGAGGTTTTACACTATGTACTTTCT
chr6:24345667-24345681
AAATTAACTTCATCCGCAACAAAAAAGAAA24345667AATGTTGTCAATGAAAGCCACTTCCATTCTCGTAATACATAATTT
chr7:9428541-9428555
CATTGTGTTATGCGTCCTGATTGGCTGTAG9428541AATGTTGTCAATGAATCTCCTCCGTGCTGCATGTCCTGTACAGAC
chr20:10412061-10412075
AATTTGAATCACTTAAAAAAATGATAGCAA10412061AATGTTGTCAATGAAAAAAATTACAAACAAAAAAGATTCTGTCAA
scaffold3556:4762-4776
ACCAAGAAAACCGTCGATTGACAGCAAAGA4762AATGTTGTCAATGAATCCAAGGATGTTTCATCTTCATCAAAGGCG
chr4:5813899-5813913
AATGTGGCAGATCTGAAGGATGTTGTGGAG5813899TTCATTGACAACATTTCTTGGAGCATTAAAAACATATACCAGTAA
chr22:15483311-15483325
TGGCTCAAAACATTGACAGTTATCTGCAGA15483311TTCATTGACAACATTGGTTGTTTGAATTCAGTCTTTGTTTTTTTT
ultracontig90:1621423-1621437
TGTAACCCTAACCTGCAGGTCTTCAATGTG1621423TTCATTGACAACATTGATGAGAGGCTCCCCAGAATCGCTCTGTTC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/oryLat2/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : oryLat2 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.082 | 0.073 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28078/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.088 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28078/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.088 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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