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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-22 11:09:54, GGGenome : Lamprey genome, WUGSC 7.0/petMar2 (Sep, 2010)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

GL476353:200352-200366
TAAATGGATTACATATCGAGCTCAAATGCT200352TTCATTGACAACATTATATTGTTTCTTTTGACTGACGTCCCACCG
GL476434:136612-136626
CATACCATGGTTATAACAGATGAGATAACG136612TTCATTGACAACATTGTAAAACACGTGACGCTTGCTAACTAAATG
GL478326:86175-86189
TTACAATTTAATTAAAATTAGGGCGAAAAT86175TTCATTGACAACATTCAGGGTAAACGTTGTTACAATGACGGTACG
GL476790:235763-235777
ATGCATATGAAGTTAAATTTTCTATATCTT235763AATGTTGTCAATGAAACATAGAAAAAGCATCTATTCACACAACTG
GL477282:53081-53095
CAAATCCCAGTTGGGTGAACCAACTATCTT53081AATGTTGTCAATGAAGGGAGACCGGTTTGCAGGAAGTCAACAGTG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/petMar2/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : petMar2 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.082 | 0.073 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28076/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.086 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28076/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.086 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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