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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-25 07:32:50, GGGenome : Xenopus tropicalis genome, JGI 9.1/xenTro9 (Jul, 2016)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

chr1:35419739-35419753
GGAGCGATTTGCACAGAAGAAACCTGGATA35419739AATGTTGTCAATGAACGCACAGTTGCAGTCATAACTGAACCCTAT
chr4:93382576-93382590
CCAATAGCTTTGGGAATGAGCAGTGTAAGC93382576AATGTTGTCAATGAAACAAAATTATACAGGCCAATAACTTATTAT
chr2:154736189-154736203
AGGGAGTGGTGTGTGGAACTGGTATTCCAG154736189TTCATTGACAACATTACCTTGAAATAAATGGGGTTTGGAGGCAGA
chr7:82541248-82541262
ACGGGCATCTGAAAATGTGAAAATACCACA82541248TTCATTGACAACATTGTATTGAGAAGTTTATAAAATAATGTGAAG
chrUn_NW_016683401v1:415813-415827
CACTCTCACAATATTCAATATTTTGGTTGC415813TTCATTGACAACATTATTCTTATATGGTCCGGTACCGATGAACAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/xenTro9/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : xenTro9 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.078 | 0.070 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28776/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.083 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28776/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.083 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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