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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-23 22:06:00, GGGenome : Atlantic cod genome, Genofisk GadMor_May2010/gadMor1 (May, 2010)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

HE569754:1552942-1552956
AGTCTGAGCTCAGGGTTGAAAAAACGCTTT1552942TTCATTGACAACATTTCACAGGTGGTTACAAAATTGCATCAAAAA
HE566070:105735-105749
AGTATTTAAATATGGACATTTCTTTACCTT105735TTCATTGACAACATTCTGTTGTTATTGTGTCAAACCAACTTTCGC
HE566665:813075-813089
TGGGACCGTGGGGGCCCCTTCGATGGGTCT813075TTCATTGACAACATTGGCCGTGCGCCAAGGGCTAGGGGGAAATCT
HE566701:1533751-1533765
ATAGATAGCACACATAAATCTTTCATTATT1533751TTCATTGACAACATTTGGGGCTAATGCAAGACTACAGTTATACAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/gadMor1/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : gadMor1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.087 | 0.078 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28070/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.091 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28070/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.092 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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