GGGenome Help | Japanese

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Search for: both strand plus strand minus strand

2024-05-06 16:24:13, GGGenome : Human genome, GRCh37/hg19 (Feb, 2009)

Summary:

Results:

Matches are highlighted with blue background. Mismatches and indels are marked in red.

chr1:29281668-29281686
GTTGACTATTATTGTTACTAGCGTTACCAC29281668TTGCTAATAATGCAAGTACACAGGCCAGTTACAATGGGTATTTGTACAA
chr1:33538708-33538726
TTTCTTCTCTGGCCCCATGCACTCTGGCTC33538708AGGCTAATAATGCAAATAGCTACTGTTTTGAATGCATTTGCTAGGAAGC
chr1:50078209-50078227
ATATGGAACTTAAGCAAATCAAACAAGCAA50078209ACACTAATAATCCAATTAAAAAGTGGGCAAAGGACATGAACAGATACTT
chr1:74282909-74282927
CCGATGAAAGAAAACAGACAAGTTCAGAAT74282909ACTCTAATAATGTAATTATGATAAATAAACCAGTTTTATTTTAAATATT
chr1:83363766-83363784
GAGTTATCCAATATAGACTCTTTGCTATGC83363766ACCCTAATAATGCAATCTCTATTAAAGATTATGATTAAAACACAGCCAC
chr1:86979537-86979555
ACTTTGGGCTTCTCCTCCCTTTAAGTCAAC86979537AGGCTAAGAATGGAATTACAGTGTTGGCTGGGGTGATTGACCCGGACTA
chr1:88871093-88871111
TCAAAAGGTATTTAATAAATGCCAAGGATA88871093ATTCTAATAATGCAATTATTCTAATAAAATGTGTAAGTCAGTGAACATG
chr1:111859754-111859772
GCCAGCCTTCACTGGAACATACTCTGGCGC111859754ACCCTAATAGTGCAATTATAAGAACTAAACCCAGTACTCCAAATGAGAT
chr1:113894006-113894024
TATAAAGTTCTTTTCCTGTATACTGTAACA113894006ATGCAAATACTGCAATTACCTGTATTAAGTACCACAGATGTTCTAGAGC
chr1:146327754-146327772
CTGTGGGTTTGGTTCCAGGCCACCATGACA146327754AAGCTAATAATGCAATAAAGTGAGTCACAATATTTTTTGTTTCCTGGTA
chr1:159112933-159112951
TTAGATTAGAAAACCCTTAAGGGCTTTCCG159112933ACTCTAAGAATACAATTACAACATCTCCCACTTCCCTACCCATTCATAT
chr1:175873414-175873432
TGCCTGAAAATTCAGCAAATCTATAGTAAA175873414ATGCAAACAATGCAATTACCAGAATCACAGTATGATGAATTTTAAAATT
chr1:188526364-188526382
AATAGAAAAAACAACTCAACTATAAGAAAT188526364ATGCTAACATTGCAATTACTAAAGAATAGAGAGTTTGATTTTACTCTAG
chr1:195230278-195230296
TATGACCTTCTTCAAGGTCACTGTCTCAGC195230278ATGCTAATAATGCCATAACAAAATGCCAGACTGGGTGGCTTAATCATTT
chr1:222075258-222075276
CCCCCTTCCTCACCCCACTACCAAGTAATA222075258ATGCTAATAATGCAATTATCTGAATGTTTCAGGTGAAAGAGTTTGGGGG
chr1:248181698-248181716
GTTAGTAATTACAAATAGCACCTATTCTAC248181698ATGCTAATAATTAAATTACTAATACAAATTACATACTATTGCATCAGTC
chr2:1930182-1930200
TACACACTCCCTTCCAGGTATGCTTTTCTG1930182AGGCTAATAATGAAATTAGTCACATGATGGCATGGGCTATGGGAACTAG
chr2:22201592-22201610
AGAAGCAACCATCATAAAAAAAATTTACAA22201592ACACTAATAATGCAACTACAAAAAAGAAGTCACCTTTATGTAGTAATTA
chr2:52425379-52425397
GTGGAACTGTTCAGCATCCTGACCCTATCA52425379ACGCTAATAATGTATTTATTTGTGATACTGTACTATAATTTTGCAAGAT
chr2:53356510-53356528
TATATTTATACTACAGTTTTTTTAAAAGTC53356510ACACTATTAATGCAATAACGTTTATGATCACACATGTGCCAGAAATCTA
chr2:57414773-57414791
CACATGGATGCATCTGGAAGTTATTATCCT57414773AAGCTAATAATGCAAGAACAGAAAAAACCAAATACCACACATTCTCACT
chr2:67639664-67639682
GTTCCGCTGCTGTTTCTGCATCTCAGACTG67639664ATGCTAATAATGCCATTATTTCCAAAAAGAGCCTGTTGAAAGCGGAGCT
chr2:82714561-82714579
CAGCTAATGACAGCCAACTGATCAGACTAC82714561ATGCAAATAATGCAAATACTCTCACACGGTACCCAAATAATGCAAAGAC
chr2:82740258-82740276
TACAGCTTCTAATTTAGGGTTCTATCTTTA82740258ACTCTAATAATACAATTACACGATTTCAGAAAATTGTTCCCACTCTTAC
chr2:87234117-87234135
TCTTCTGCTTTGAAAAATATTCACTCCCCA87234117ACGCTAATACATCAATTACATATTATTTGGGGGCTAACTAAGCTCCTAT
chr2:108515361-108515379
TCTTCTGCTTTGAAAAATATTCACTCCCCA108515361ACGCTAATACATCAATTACATATTATTTGGGGGCTAACTAAGCTCCTAT
chr2:114888532-114888550
TATGATGGCTTGGTCTAAAGACAAAAATCC114888532ACTCTAAAAATGCAAGTACACTCTCCAGCAAAGGTAATATTTTATGTAT
chr2:115485393-115485411
CAGCCTCTGAACAGCTTTTTTGAGGTGATA115485393ACGCTAATAATGAAAATAATAGCAGTGAGAGTCACTACTTATTCAGTGT
chr2:117635716-117635734
CATTAAAGTGATGTGGAAGAAGGTGTGGAA117635716ACTCTAATAGTGCAATGACACAATTTTATACTGGGAGCAAAGGGCCACA
chr2:122143235-122143253
TATCCCTTTTGACTTACTAAAGAATGTGCC122143235ACCCTAAGAATGCAATAACTAAAAGATGTATGAACTGTATATTATGGAA
chr2:128289256-128289274
ATTCCCCAACAAAGAACAATCTACTCCAAA128289256ACGCTAATAATGCCAAGACTGAGAAACCCTGAACTACAGGACAGAATGT
chr2:134406333-134406351
TGTTGTGCAGCAAAAGCAATACTAAAAGGG134406333AAGCTAATAATGCAATAAACGTTTATAATGTATTTAAAAAGAAGAAAAA
chr2:140586492-140586510
GTTAATAATTTGAAAATTCCGCCACCGCCA140586492ACACTAATAATGGAATTCCAGGATCTGTCCTCTTGTTAAATATCCCCTC
chr2:155879609-155879627
TACATGAGGCCTCAGTTATAAATACTCACA155879609TCACTAATAATGCAATTTCTTACCTAGGCTTCAGGGCTAATAAAATTGA
chr2:160408073-160408091
AATAAGAATATCTGAAGATAAAATATAGCC160408073ACTATAATAATGAAATTACATATAAACAAGACTGCATGTAAATGCAACT
chr2:174795723-174795741
CTACAAATTTGATTCCAGACAAGTACAATA174795723AAGCTAATATTGCAATTAACCAAGCCACACATTTTTTTGGTTTCCCAGT
chr2:201784068-201784086
TAAAGTTTGTTACTAAAAGCTTCTTTCAAC201784068AGGCTAATTATGCAATTTCTTTATTATTTTTTTGAGACAGAGATTGCTC
chr2:209452995-209453013
GAGTCTCCAAAACACATGTTGACTAAAAAA209452995ATGCAAATAATGCAATAACACATGTATTGATTTTATATTTACTATAAAC
chr2:212711063-212711081
ATGCAATATGGATCAAAAAATTTAATCAGA212711063ATGCTTAAAATGCAATTACATTCATCAGGGTGTTCTGTTAGGCTGGGTA
chr2:224727812-224727830
TCACTATCACAAAAACAGCATGGGGAAACC224727812ACGCTCATGATCCAATTACCTCCACCTGGTCTCTTCCGAGACATGTGGG
chr3:9776571-9776589
TGATTTTGCCAGGGCAGTGAGTGGAATGGT9776571ACGCCACTAATGCACTTACTCTACAGTGCCACACGCTACTCCTTTATTT
chr3:25673696-25673714
GGAAATCTGACCTTTACAATGGTCAATACA25673696AAGCTAAAAATGCAATTAGTTACATAATTCCCTACTTTAGTTCTTGGCA
chr3:42873349-42873367
TGTCTCCTGACTCTCCTTTCATGGACCATG42873349ATGCCAAAAATGCAATTACTAGTAGGTGAAAGGTTTGATAGTTTCAAAA
chr3:63167689-63167707
AAAAGTAACTGTGTTTTGCCATTAAAAGTA63167689ATGGTAAAAATGCAATTACTTTTGCATCAACCTAATCTTAAACAATGAA
chr3:64939510-64939528
TTAGTTGTAATTAAAAATAAATAAAAATAA64939510AAGCTAATAATGAAATCACTCACAATTTGAGATAAACAAAATGTCAACT
chr3:72172350-72172368
CAAAACATCAGGTTGAATGGTGGAGATTGT72172350ACGCTAATTATCCAAGTACACAATTCTCAAAGTTCCAATAAGATTGTCT
chr3:77556793-77556811
GCACAACTATGAGCTATATCTACTTTTCCA77556793AATCTAATAATGCAATTTCTAGTCCTATTGTAAAACCAGTTTTGAAAGT
chr3:89632341-89632359
TATCACCCAAAATTGCATTGTCTTAAATTG89632341ACCCTAATAATTCAATTATTTTAAATTAGATTATAGTGTCACAGTCATT
chr3:113088492-113088510
AAGAGAAAGCAGGAAAGACTTAAAATCAAC113088492ACCCTAATATTGCAATTAAAAGAACTAGAGAAGCAAGAGCAAACAAATT
chr3:123206930-123206948
CCAGCCAGTGCTGCCGACACCTGGGTTCTC123206930AGCCTAATAATTCAATTACCTATTTGATGATGGTGATTTCTATATATTT

Data Export:

Maximum 100000 results can be retrieved in various formats shown below:

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/3/+/nogap/ACGCTAATAATGCAATTAC
lang : en | db : hg19 | k : 3 | strand : + | nogap : true | query_string : ACGCTAATAATGCAATTAC | format : html | download : | debug : 

0.011 | 0.011 | search_start;
3.473 | 3.463 | search_plus_done; http://172.18.8.78:28018/match?q=ACGCTAATAATGCAATTAC&k=3&no_gap=1&offset=0&limit=50
3.485 | 0.012 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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