GGGenome Help | Japanese

Database:
 

Max number of mismatches/gaps mismatches : (no more than 25% of the query length)
Search for: both strand plus strand minus strand

2024-05-04 03:52:19, GGGenome : Human genome, GRCh37/hg19 (Feb, 2009)

Summary:

Results:

Matches are highlighted with blue background. Mismatches and indels are marked in red.

chr1:1322089-1322107
TCAAGTTCTGAGTTTTCATACATAGCTTTA1322089ACTTGTATTAAACACATGTTTATTTACAACGTGGAGAGAGAATAAGGGG
chr1:3258466-3258484
TGAGTCCGGGCTGTCTTCTTCGGGTAGGTT3258466AGGTGTATTAAATTCATTTGGCTCACAATATTTTCAATTTATGATGAGC
chr1:8748939-8748957
GCTAAGCTAAGCTATGGATTTTGGTAGATT8748939AGGTGAATTAAATTCATTTTCGACATGTATTTTCAACTTAGGATGGGTT
chr1:11153049-11153067
AGCAGGTTCAGTTAAGCTATTTGGTAAGTG11153049AGGTGTATTAAATGCATTTTTGACTTATAATATAGGTTTATTGAGACAT
chr1:12510781-12510799
GTAAGTGTTCCGGGCATGTTTAGATATGTT12510781AGGTGTATGAAATTCATTTTTACTTAAAGCCTTTTCAACTTAAAAATGG
chr1:21177148-21177166
TGTATTTATCACGTAATGTTCTAAGTGTTT21177148ACGTGTATTAACTTCTTATTTAATTTTCATAATATCCTGAAAAGGTAGG
chr1:25750705-25750723
GTGACACTAAGCTATGATGTTCCGTAGGTT25750705AGGTGTATTAAATGCATTTTTGACTTACAATATTTCCTACTTACCATGG
chr1:35469836-35469854
CTGTATTAGAATCTCTGGCAGTAAAGGAGT35469836AGGTATATTAAAATCATGTGGGCTCCTAAAAAAATATCACTTCCCAGGG
chr1:42810911-42810929
GCAAGGCTGATCTATGATGTTTGGTAGATT42810911AGGTGTATTAAATGCATTTTCCACTTAGGATATCTTCAACTTCTGATGA
chr1:49215540-49215558
CGCCCTGTCAAGGAAGCATTGAAGGCCCAC49215540ACATGTATTCAATGCATGTAAAATGGACCACAGTTGGCTGGGTTGGGGG
chr1:55918767-55918785
TAACAAAGTAATCAAGGTTAACCCCCAATA55918767AGGTGTATCAACTTCATGTATTGCCTACTATGAGTGCTGAGAAGGGCAT
chr1:69659992-69660010
TAAGAAGCATCCTGATTTCAGAGGTGTTAA69659992ACATGTTTTAAATTCATCTTAGAATTTTGAATTATGGTGTTTATCTTTT
chr1:74456874-74456892
GCTAGACTAAGCTATGATGTTCGGTAGTTT74456874AGGTGTATTAAATGCATCTTTGATTTATGTTATTTCCAACTTACAATGG
chr1:81214983-81215001
GCTAAGTTAAACTATGATGTACAGCAGTTT81214983ACATGTATTAAATGCATTTTTGATTTACCGTATTTTCAACTTATGATGG
chr1:83037427-83037445
TATTTGCATATATTTTTGGTCATTTGTATT83037427TTGTGTATAAAATTCATGTGAAAATGCAAAGGAGCCACAAAAGCCAAAA
chr1:85227051-85227069
CTGTCTACTAACTGTGCTGGTCCAGTAGCA85227051ACCTGTATTAATTCCATGTGCCAGACACAGTGATATCAACTGGGCTTTC
chr1:86700469-86700487
GCTTGGCTAAGCTATGACATTCAGTAGCTT86700469AGGTGTATTAAATGCATTTTTGACTTCCATATTTTCAACTTACAATGAG
chr1:87157405-87157423
GATGTTTATAATTCCCATGCTTGTTTTTAT87157405ACTTGTATTAATTACATGTATCATATATGTATCAATAGTATATAATATA
chr1:90114620-90114638
TTATGAACATTCATGTATATGTATTTGAGT90114620ACCTGTTTTAAATTCCTGTGGATATTCCCCTAGGAATAGAATTTCTGGG
chr1:90844837-90844855
CACACATGCATGTACATATGTGTATACATG90844837ACGTGTATGATATACATGTGTATGATATGTATATATACATATCATATAT
chr1:94098084-94098102
AGTAGGCTAAGCTATAATATTCTCTAGATT94098084AGGTGTATTAAATGCATTTTCAACTTATGATATTTTCAATTGATGATGG
chr1:98809443-98809461
CAAAGTGTGGTCATGAGGATTAAAAAAAAT98809443ACGTGTATTAAATACAAGTAGCTCAGATCTTGACTCATTAAATGCCCAA
chr1:100776295-100776313
GCTAGGCCAAGCCATGATGTTTGGTAGATT100776295AGGTGTATTAAATACATTTTTGACATGATATTTTCAACTTATGATGGGT
chr1:101518072-101518090
GGTAGGCTAAGCTATGATGTTCAGTAGGTT101518072AGGTGTATTAAATACATTTTCAACTCAAGACAATTTCAATTTATGATGG
chr1:105049539-105049557
CCTAGGCTGAACTATGATATTTGATAGGTC105049539CCGTGTATTAAATGCATTTTTGAGATGATATTTTAAATTGATGATGGAT
chr1:105821767-105821785
AAATCCAAAACATCAAAGACACTTTTACAA105821767TCTTGTTTTAAATTCATGTTATTAAAGAATATGTACTTCCAGTTTTCTT
chr1:108025030-108025048
GAGAATAAAGTTTGTTTTAAGTGCTGCCCA108025030AGGTGTAATAAATTCTTGTTTCTGCCTTTTATTAGGCCAATTACTGTGC
chr1:155976278-155976296
GCTGGGCAAAGTTATGATGTTTGATATGTT155976278AAGTGTATTAAATGCATTTTCAACTTAAAACATTTTCAATTTACAACAG
chr1:157720563-157720581
CATAAGTAAGGGGCAGTCAGTCATATTCAA157720563ACATGTATTAAATTAGTGTATATGTTTCCAGCAATTCCTTCTTGAAGAA
chr1:159401654-159401672
GTAGGCTAGGATAAGCTATGATGTTCAGTC159401654AGGTGTATTAAATGCATTTTTAACACGATATTTTCAACATATGATGGGT
chr1:159766483-159766501
GGGAGTGTGGAGTTCTGATTCAAAGGAATA159766483GCGTGGATTAAATTGATGTCCCTGTAAAGAAATTGACATTCTCCTATTG
chr1:170441429-170441447
TGAATCCCATTCTCCTTTACCCACAAGTAG170441429ACGTGTATTAAATACTAGTTCCAGATATTGTAAAGGATTCAAAGACCTA
chr1:172157802-172157820
CTAAACATTTATATGCATGTGTTTGTGTGA172157802ACATGTTTTAAATTCATTTGGGTGAATACCTAGGATTATATATAATTGC
chr1:176014381-176014399
GATAATGCCTGATATATAAGAATTCAATAA176014381ACTTGTATCTAATTCATGTTATATCCTCTTCACTTAGGACATAAACTAT
chr1:178043559-178043577
AGAAGTATTCCATTCAGATTGGCCACATAT178043559ACATGTATAAAATACATGTATTATTTAAAGGGAATGAGTTGAGAATATT
chr1:181963331-181963349
CAAGTCCCCAAATATTGGAATTTTTATGGG181963331ACGTGTATTAATGTCAAGTAGGTAGAAAATAGTTGAAGTCCTTACATTA
chr1:182392651-182392669
TGGTCTGCCTGAACTTAAACCCTGACTGTA182392651ACGTGTATTAACTGCATGAACTTTGGGTTAATTACTTAGGCTTTCTAAG
chr1:188907292-188907310
GAGTCAGCCTATTCAGGCAGATTTGCTGCC188907292ACGTTTATTAAATTCCTGAGGGTTTTATTCCTCAAGTTATTACTCTCAA
chr1:189014066-189014084
TGGCTGGTGACTTTCACAATAAAAGTAGCA189014066ATGTGTGTTAAAGTCATGTATACATTAGTTATGAGTAACTAGGGATGAT
chr1:201850089-201850107
TAAGTGATCTGAGTAGGTTTAAGGTAGCCT201850089AGGTGTATTAAATGCATTTTTCACTTAACGGTATTTTCAACTTTTGTTG
chr1:209565002-209565020
GTTAGGCTAAGAGATGATGCTCAGCAGGTG209565002AGGTGTATTAAATGCATTTTCAAACTATAATATTTTCAACATACCCCGT
chr1:210920813-210920831
GGAAGGGAAAGGGAAGGGTGCATAATATTA210920813AAGTGTTTTAAATTCAGGTCCCATGAATTCATGTTTATGTTGGAGAGGA
chr1:218405409-218405427
CATTGTGGGTCAAGTGCTATACTTACTTTT218405409ACATGCATTTAATTCATGTAATTGTCACAACAGCCCCATGAGGCAGGGG
chr1:221741741-221741759
ATTTTCAAGAACTCCACGATACAAAATCAT221741741AAGTGTATTTAATTGATGTGATCTTAATTGGAATCACAAGGGAAATTGG
chr1:223918547-223918565
AGACTTTGATTTTTAGTTTACAGTAGGCTG223918547AGGTGTATTAAATGCATTTTCGACTTGCAATATTTTCAACTTCTGATGG
chr1:224234572-224234590
GCTAAGATAAGCTGTGATGTTTGGTAGATG224234572AAGTGTATTAAATGCATTTCTGACTTAACAATATTTTCAATTTACCATG
chr1:226612973-226612991
CATGATAATGTGAGCCCTTCTAAGCACTGT226612973ACATGTATTAATTTCATTTATTACCCCTCAAATACACACCTGGGCCCTG
chr1:230481627-230481645
ACTAGGCTAAACTATGCTCTTTGGTAGGTT230481627AGGTGTATTAAATGCATTTTTTTTAGAGGCAGGGTCTCACTATGTTGTA
chr1:233840674-233840692
ATTAGCCAGGCTTTCCGACTATTGACTTTA233840674ATGAGTATTAAATTCATGAAAAAAGTACTTTTTCTTCATCTTTCTCAGA
chr1:249209739-249209757
GCTAGGCTACACTACGATGTTTGGTAGGTT249209739AGGTGTATTAAATGCATTTTTGACTTATGACATTTTTAACTCATGATGG

Data Export:

Maximum 100000 results can be retrieved in various formats shown below:

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/3/+/nogap/ACGTGTATTAAATTCATGT
lang : en | db : hg19 | k : 3 | strand : + | nogap : true | query_string : ACGTGTATTAAATTCATGT | format : html | download : | debug : 

0.010 | 0.010 | search_start;
7.351 | 7.341 | search_plus_done; http://172.18.8.78:28018/match?q=ACGTGTATTAAATTCATGT&k=3&no_gap=1&offset=0&limit=50
7.362 | 0.011 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).