GGGenome Help | Japanese

Database:
 

Max number of mismatches/gaps mismatches : (no more than 25% of the query length)
Search for: both strand plus strand minus strand

2024-05-08 01:01:13, GGGenome : Human genome, GRCh37/hg19 (Feb, 2009)

Summary:

Results:

Matches are highlighted with blue background. Mismatches and indels are marked in red.

chr1:5139880-5139898
AAGGCATCGACTTAAATCTATATAACAAGG5139880CTTAGCTTTGTTTAAGGTCCTTTTCCTGCCTTTTTCTTTTCTTTTCTTT
chr1:9725326-9725344
TTCATGTTCTTCAGTCATATCCATCATAGG9725326GGTAGCTTTGGTGAATGTCCCATGGCAAGGTAGTAAATGCCTCTCAAGA
chr1:10176685-10176703
GATTTGTTATGTGGCCTGTCAATGGTTGAT10176685TTTAACTTTGTTTAATGTCCTCAAATTTAACCCTTGTGCTTATGTTTGG
chr1:11327978-11327996
CATGACCTCATGATGAATGCTGAATGTGCT11327978GCAAGCTTTGTTTATTTTCATTTCTCTCCCTCCCTTCCTCCCTGATTTA
chr1:15279393-15279411
TAGAACCTTCCGGAGAGTTTCCACTGAGAT15279393GATTGCTTTGTTTAATGTTTACCGCAGGCCTGAGAGACTGGCCTTGGCT
chr1:37567663-37567681
GACTAGCTCCTAAGGGCTAAAGCTGTAGTA37567663GCTAGCTTTGTTCAATTTTGTGCCCCAGGGCTTGACACATAGTATGCAT
chr1:44979787-44979805
CCTAAATATAACCAAGTAATAGATCAAGTA44979787GCTATATTTGTTTAGTGTCTAACTCCCACTCCAAACTGTGAGCTCTTTG
chr1:46405066-46405084
TCTATATGCCTATCCTTGTGCTAATTCCAC46405066ACTATCTTTGTTTAATGTGGCTTTATACTAAGTTTTGAAATCAGGTGGT
chr1:60192056-60192074
ATCTATATTCATGAGAGAGAGTGGATTTTG60192056GCTTTCTTTTTTTAATGTCTTTGTCTGGTTTTGGTAATAGGGTAATGCT
chr1:79894904-79894922
ATTCTTGGGTTTGGGTAATTTCAGATGATG79894904ACCAGCTTTGTTTAATATCTTATGGCATTTTCACAAACAATGCAACATT
chr1:81024151-81024169
AATAACTGCAAAGCAATCTTTGCCTCAACA81024151TCTACCTTTGTTCAATGTCGAGAATTTGACCAAGATTCATTAATAGTGC
chr1:81689045-81689063
GTAAACATTCCTTTTATCTTGTTCTTTCAT81689045GATTGCTTTGCTTAATGTCTAGCATAAACTCAAGCTATGAAGACCATTG
chr1:85860372-85860390
TGGTTAACAAGGAAATAACTTGAGATAGTG85860372GCCAGCTTTGTTTAACGACCAATTGAAGCATAATTTTTAAGAACAAGTA
chr1:86776169-86776187
CACAGAGAAGTTAAGTAACATCTTTCAATG86776169GCTAGCTTTGTTTAATGAGCAACTCAGCTATATTTGTTAAGAATGAGAA
chr1:93952805-93952823
TCTTCCCCCCAAATGTTGGCTTTTAATTTT93952805GCTTGTTTTGTTTCATGTCTGTAACAGTGGGTACCTGGGATTTGATTTT
chr1:102034061-102034079
GGATCATGATGTGGGGGAAGATCCAGGATG102034061CCTAACTTTGTTTAATGACCAATTGGCTCCTTTTTTAGTATTTTATTTC
chr1:102567171-102567189
AAAACAGCCCAGAAATAATTAAAGATAATG102567171GCTAGCTTTATTCAATGTCTCATAAAATTGTAATGAGTAGTTTATATGG
chr1:113703804-113703822
AAAAACAAAAACAAAAACAAAGAACCAGCT113703804TCTAGCTTTGTTTATTTTCTCTATTGCTTTTCTGTTTTCAATTTCTTTA
chr1:114845690-114845708
TGGGACCACAGATGCACAGCACTGCACTTG114845690GCTAATTTTGTTTAATTTCCCACCATGTTGCCCAGGTTGACTGTAATAT
chr1:116553029-116553047
AAAAATTCACTGCAATTAATTGCTTTAGGG116553029GCTAATTTTTTTTAATGTCTTGCTTCCTTACGCCTGTACTACTGACTGT
chr1:153732028-153732046
CCAGTCAAATGTCGCTGCCTCCAATGCCAA153732028GCTGGCTTTGTTTTATGACTGGCTGTTCTTTAGTCCAGACAAGGATAGC
chr1:163429380-163429398
AGACGATTATTCTTTATTTTTTACTTACAA163429380GCTATCTTTGTTTCATGTGCTCTCAAAAGCCATTAAAATGCTTGTAGCA
chr1:164452536-164452554
TGCTTTACAGTGCTGTCCCAGGGTAAACTG164452536GCTAGCTTTCTTTAATAACTACTCCATCTTTTCTCAGTTATACAAAATT
chr1:166316187-166316205
GGTATGCTCATGTTTTGAGAACTCCTGTCT166316187GCTAGCTTTGTCTAATTTCTATAACCATGAGCATATTTTCCTGGCCCTT
chr1:176334065-176334083
AGCTGAGAGATGAAAACAGTGACAAATCCT176334065GATAGCATTGTTTAATCTCATGGATTCAGCCTTTCTGAAGCCAGGAATA
chr1:203234358-203234376
TTTTGATATATTTCACATTTTATCTTTTGA203234358GATAGCATTATTTAATGTCTTAAGGTTTATAATGGTTATAAACACATGG
chr1:207535314-207535332
ATAATTTTTGTCTTGTCACACCCTAGCCCT207535314GTTTGCTTTGGTTAATGTCCAATGTGCAAATGCCTCATTTTCCTCCCAC
chr1:214012705-214012723
CTTCTCCAGCCATCCTGGCCCTGGGGCAAG214012705GCTAGGATTGTTGAATGTCTTGAGACCAAACACTCCGATGAGTTTCCTT
chr1:215430767-215430785
TATAATTTTTCCCAGAGTGTACATATTTCA215430767GCTAGTGTTGTTTAATCTCTACTGTGAGACATTTTTTTTGCTTATGGTC
chr1:216211304-216211322
TGTGGTATTTGGTTTTCCGTTCCTATGTTA216211304GCTTGCTAAGTTTAATGTCCTCAACTTTAATTTTTCAGTCAGAATTGTA
chr1:216806249-216806267
TTATAAAGTCAATAAATAGAGCTATAGACA216806249GCTGGCTTTGTATAATATCCTTTTCCTTTGCCTAAATGTTTAAACTATT
chr1:218356988-218357006
CTCCTATTGAAAGCTAATATAATTGTGAGA218356988CCAAGCTTTGTTTAATATCAACAGATGAGCTTTCTAAATGTTTCAGTTT
chr1:232150129-232150147
AAAATGTTCACTTACCCATCAGCTGGTTTT232150129GCTCTTTTTGTTTAATGTCTTTGGGGAGAAAGCAAAGAGCTAGGACATG
chr2:2325162-2325180
GCAGACTCGCTTATTTCTACAACCAGTCTG2325162GCTAGCATTGTTTCATGGCGACAATGCTCTGTGCTTTCAGCTTCTGTTC
chr2:8262569-8262587
TGCTTTTGTTGGACATACATCCAATCTGAT8262569GCTTGTTTTGTTTAATATCAGTTTTTAACATCAGACTTTGTAAAAGGTA
chr2:26783089-26783107
AATACAAGTATGAATGCTAAATTTTCAAAA26783089GCTAGATAAGTTTAATGTCTTAAAAAAAAAAACACCTAAATTCACTAGC
chr2:28004895-28004913
TAAGTGAACTTCATACTTTTTTCAGAGTTT28004895ACTAGTTTTGCTTAATGTCCTTTTTCTGTTCCAGGATCCCATCCATCAT
chr2:64084064-64084082
TATATTTCAATTTATACTTAATGTTTTGAA64084064GCTAGCTGTGTTTTATTTCTTTTTGTTCTTTTAGTGAAGATTAATTTTC
chr2:65807458-65807476
CTACCCATACCTGTGTTGGGTATGTGTTTT65807458GCTAGCAATGTTTAATGTCACATGCCTGCACTTTCCCCTAATCCTAATA
chr2:78057480-78057498
TATGAAGAGAAAAATTAACTTGAGATGATG78057480GCTAGCTTTGTTTAATGAACTATTCAAGCATAATTGTTAAGAATAAATT
chr2:97091323-97091341
GGATTATAGGCATGAGCCACTACACTTGGT97091323GCTAGCTTTGTTTAATACCTGAAAACAATTTTCAAAATCTTTTTGGTAA
chr2:98514159-98514177
TTCTGAATATATGTTTGAAGAGATGTCGCT98514159TCTAGCTTTCTTTAATGCCTGCAATAATCACCTCATAAAACGTGTAAGG
chr2:99815235-99815253
GTTCCTCGGTCTTGACTTTGTGTCTTTGAG99815235GATTGCTTTGTTTAGTGTCACCTGCCTTCTTTCAGGAGGTTTTGCCTGA
chr2:107340122-107340140
GATAGAGACAGTGTTTTCCTCCCATCAGGG107340122GGTAGATTTGTTTACTGTCAGTCAACAAGATAATGTCTCCCTCTGGGGA
chr2:109158551-109158569
ATTTGTTGTTAGTGAATCGAAAAGTTCAGG109158551GCTAGCTCTGTTTAGTGTCTTTGACGTTGTTTGAATAAATTCACAAAAC
chr2:109182532-109182550
TGTTTTGCTGTCAGTTTCATTTTCTGTGTT109182532GCTAGCTCTGTTTCATGTCTCTGTGAAGTAAAATGAAGCAGGCTCCGTC
chr2:114199706-114199724
GAAAAATACTTGAAAATGCTTCTGTTATTA114199706GTTAACTTTGTTTAATGTTTATTATCTGCAATGCAGTTAAAACTCAATA
chr2:117392656-117392674
AAGAACATCACTCCAAAAACCATTTTATTG117392656GCTAACTTTGGTTAATTTCTCAGCTCTTTTCTTTTGCTTTCATCATTTT
chr2:123597174-123597192
AATGTCAAACAGAAATAAATTTAAATGATG123597174ACTAGCTTTGTCTAATATCTCAGTTATCATAACTAATCTAGATAAACTG
chr2:146901472-146901490
TGTGAAGGAAAGAAAAACGGTGAATCAAAA146901472GGTAGCTTTGTTGCATGTCCCCCCAGGCCTTTTTATTGACAAGAACGAC

Data Export:

Maximum 100000 results can be retrieved in various formats shown below:

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/3/+/nogap/GCTAGCTTTGTTTAATGTC
lang : en | db : hg19 | k : 3 | strand : + | nogap : true | query_string : GCTAGCTTTGTTTAATGTC | format : html | download : | debug : 

0.010 | 0.010 | search_start;
5.343 | 5.333 | search_plus_done; http://172.18.8.78:28018/match?q=GCTAGCTTTGTTTAATGTC&k=3&no_gap=1&offset=0&limit=50
5.356 | 0.012 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).