GGGenome Help | Japanese

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Search for: both strand plus strand minus strand

2024-05-19 09:40:22, GGGenome : Human genome, GRCh37/hg19 (Feb, 2009)

Summary:

Results:

Matches are highlighted with blue background. Mismatches and indels are marked in red.

chr1:4478662-4478680
AGAAACAGCAACAACAGAACCCAAAGGCCA4478662TGATGAATCTGTTATGTCCTCTCTCCCTCGTCCCTCCTCCTCCTTCCTT
chr1:4828492-4828510
AAGACAAAGCTTGTTTTCTGGCTGTGCCAA4828492TGTTTAATCATTTATGAACAATTTCCCCCATGAGGATCATATCCAGCAG
chr1:28330330-28330348
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chr1:31100528-31100546
ATCTCAAAAGGAATATGTAACATTTCCTAA31100528TGTTCAATTTGTTATCTACAGAACAGTGCAGGGGAACTATCATCTTGTA
chr1:34409779-34409797
ACAGACCACAGTTTGCTGACCCTGAACTAG34409779TGTTTATTCAGTTATGTACTTATGTGAGGCATATGATTCATATCTCAGG
chr1:36201402-36201420
TAAAGGAGTCATTATGGTACTGATTTTCAC36201402TGTTTAATCTGTAATGTCACACTTTTCCCTACTCTTCCTCTTCCAACCA
chr1:42761953-42761971
TTTGCAAACATTTTCTCCCATTCTATAGGC42761953TGTTTAATCTGTTGAGTATTTCTTTTGCTGTGAAGCTTTAGTTTAATTA
chr1:50903342-50903360
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chr1:53012408-53012426
CAATTTTTAAAAGTTGGAAACAAGTTTAAA53012408TGGTTAATTTGTTATGTACACTTTATCACAATTTTTAGAATCTTTTTTA
chr1:56278621-56278639
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chr1:63990531-63990549
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chr1:68954737-68954755
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chr1:70931742-70931760
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chr1:72267469-72267487
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chr1:74983288-74983306
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chr1:75996915-75996933
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chr1:77602306-77602324
TTGTAGATGCCATTTTTCTCTTTGACTGAT77602306TTTTAAATCTCTTATGTACTTAGGGAGTTCTAAAATGTTCACATGAAGT
chr1:80053825-80053843
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chr1:81992805-81992823
AATGTTTTCATTCAATAAAGTCGAATTCAG81992805CATTTAATCTGTTAGGTACTATTAGGATCACCAATAAAATACCAACCTG
chr1:82588671-82588689
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chr1:83284872-83284890
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TCCTTAGTTTTTGTGAGTAATCTGACAGCA85864519TGTTGAATCTGTTATGTCAAATCTGAATCTTTAAAAAACCTGAGATCCT
chr1:86970411-86970429
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AGAAAAAAATATTTGATTGGCTCTTTTACT87193996TGTTTAATGTGTTATTTATTGTGAAGAAGTAATTTGTTTCACTGTGTTC
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chr1:98796893-98796911
CCTAAAGGCAGCAAGTGATTCAGGGGTGAC98796893TGTGTAATTTGTTTTGTACCGTGGAATTCCTGCCATGCCTATATGTATT
chr1:105366144-105366162
AGTAATAAATTAATCTAGGTCACCTTTCTT105366144TGTTTAAAATGTTATATACCAGTAAAGAGAGAATAAAATATAAGGTTGG
chr1:109125011-109125029
ATTTTTTTACATTATGAGATTATTTTTTAG109125011TGTTTATTCTATTATCTACACAAAGTATAAAGATTGTAATAGCTATCTT
chr1:113952429-113952447
GTGTAATAGGTGGGTGTCAGGAAAGTTATT113952429TGATTAATCTGTTCTATACTAGGTTATACTATACTGATGTGAGGAATTA
chr1:116432108-116432126
TCTGGTGTATACAAAATGTTTTCTTTTCAT116432108TTTTTAAACTGTTATGTATGACTATGTATGAGTCTAGTTTGTCTACACA
chr1:145169265-145169283
TCCCTGGTATCTTTCAGTGCAGTCAGCTCT145169265TGTTTTGTGTGTTATGTACACACCAAACAGATTTTTAAAGTTTAATTTT
chr1:152905562-152905580
TAGCATTTACTATATATGATTGAAATCATT152905562TGCTTAGTCTGTTATCTACTTTAGATTCTGACTTATAGAGCAAAAACTT
chr1:155400345-155400363
TGATGGGCTTAAAGTTCTCACAGTAGTAAA155400345TTTTTAATCTCTTATATACACTTTATTTCCTTTTAAATCCCTATTTATT
chr1:157179645-157179663
AACTGGAATGACACAGAAATCTTTAAAAGC157179645TGTTTAAACTATTCTGTACAATAAGAATTTCTTTAAGCTTTATTCATAG
chr1:158556397-158556415
TGATTGTTCAGCTCTTTCTTCTGAACACTT158556397TGTTTAATGTTTTATGTCCAGAAGTTTGGGAGAAATGAAAATACTGTTG
chr1:164783469-164783487
CTTTAAAATGTTCAAACTTTTCACATAAGG164783469TGTTTATTATGTTATGTACTTGCTCTTCAATAATTTGGAAAGATAAATG
chr1:167247212-167247230
TTGCAGCACAATAGTAGCCCTCCATATCCT167247212TGTTAAATTTGTTCTGTACACTGAAGCTAGGGTACTGTATCCTATGAAA
chr1:170898231-170898249
CAAAAAGGGACTGTTATAATTATTAAATTG170898231TGATTATTCTGCTATGTACAGTGACCATAGGGCTTTTTATTAGCAACAA
chr1:178574419-178574437
TTAGTTTTTATATAAAACTATTAAAATGTA178574419TGCTTAATATGTTATATACATCTATACTATGTTAAAAAAAAATGTGAAG
chr1:183986246-183986264
TAGAACACAGTCTAACCTAAGGTGCTGTAA183986246TGTATAAAATGTTATGTACTTGGACATACTCTCTGTTCATAGTACTGCC
chr1:185640002-185640020
CAACCTTAACACAGCAGACTAATTTATCTA185640002TGTTTAATCTGTCTTGTAAAATAGCAAGATTAAAATGGAGGTACGTCAC
chr1:185646171-185646189
TAGGTGGACCAGATCAACTCATGATTTCAT185646171TGTTTCATCTTTTATGTCCACTTGGCTTACTGGCAAACAAATGGAATTA
chr1:186046201-186046219
AATTGTTATCTGGTTTATTGATTGCAAAGA186046201TGTTTAAACTGTTATGGAATAATATTTTCAAGGCTTCTATTTAATTTTA
chr1:187487894-187487912
TAGTAAATAGTGTCCTAAAATTTGAACATT187487894TGTTCAATCTGTGAAGTACTCCAATTTCTTTTGAAAGAACAAGAAGTGT
chr1:189922189-189922207
TAATATATAACTAGTTTTCCTTCCAAAGTT189922189TGTTTATTCTGTTATTTTCATTCTTTCTTTGTCTCCAAGTCTTGAGATA
chr1:196317615-196317633
AACCTTGAGGTACACTCCAACCTCTAAAAT196317615AGTATAATCTGTTATCTACTTCATACTCTTGTGAGACTGTTCTACTATA
chr1:197433382-197433400
CCTCACAACACTGAAAATACTGAGGCTGTG197433382TGTTTAATCTGTGCTGTACAAGCCGAATGACCCTGAAAAGAACATGAGC
chr1:203804263-203804281
AGTTTCAGACAGTGAGAGATGGGAATGTAT203804263TGTTGAATCAGTTATGCACTTTACGCTCTAAGTAATAAAAAACTTTCAG
chr1:208225271-208225289
AGGGCTAGGGGAGTGCTGGCAAATGGTAGG208225271TGTTCAATTTTTTATGTACAGAGGATTCCCTAAGCATAAGTCTGTGCTT
chr1:209194980-209194998
GGATTTCTGCTTGAATAGATTTCTTGGCTC209194980TGTTTAATATGTTATGTTATTTGTGACTCCAAAATATTCTGTCTCCTGG

Data Export:

Maximum 100000 results can be retrieved in various formats shown below:

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/3/+/nogap/TGTTTAATCTGTTATGTAC
lang : en | db : hg19 | k : 3 | strand : + | nogap : true | query_string : TGTTTAATCTGTTATGTAC | format : html | download : | debug : 

0.010 | 0.010 | search_start;
7.344 | 7.333 | search_plus_done; http://172.18.8.78:28018/match?q=TGTTTAATCTGTTATGTAC&k=3&no_gap=1&offset=0&limit=50
7.356 | 0.012 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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