GGGenome Help | Japanese

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2024-05-17 19:04:12, GGGenome : Human genome, GRCh37/hg19 (Feb, 2009)

Summary:

Results:

Matches are highlighted with blue background. Mismatches and indels are marked in red.

chr1:7045649-7045667
CACTTACAATCTCTCTGCATTTATTTTCTT7045649TTAAGAACACATATAATAAAACTCAAAGTTAATAGCACGAAAATAATTT
chr1:27777825-27777843
GCTCAAGTTGGGGCAAAGAGGGGCAGTCAG27777825TTAAGAAAAGGTGTCTTAAAGGACAAATAAAGCTAGTTAAGAACTTCCA
chr1:45448936-45448954
GAAAGTACTTTCTCTTACAATGATGTAATT45448936TTAAGAACAAATGTGTTAAAATGTAACGTTCAGAAGAAACAATCTATTC
chr1:58475288-58475306
GCTCTGCTCTTCTTCCAGTTTAAGAAGAAC58475288TTAAGAAAATGTGTATAAAATAGTTGTTTGTACACTTGTTCTTTATTTC
chr1:65833113-65833131
CTTCCAACTCTTATTCCATCTATTAGCTAA65833113TTCAGAACAAGTGAATTAACATCAAACAAAAATGTGGATAGATATTTTG
chr1:67803698-67803716
TAAAGCCACATGTACTTTCCTTGGGTTATT67803698TTAATAACACATGTTTTAAGAGTAAGTTAAGGCCGGGTGCAGTGGCTCA
chr1:73725074-73725092
ACTTGAATGCTCAGAAGAAAAAAAAAAGAA73725074TTCAGAATATGTGTATTAAAATGGGTACAAAAATGAGTAAAAAACTTGA
chr1:76106950-76106968
CTCCATCATAATCTTACATGTTTAAAGCAT76106950TTAAGAACACTTTTGTTAAGAAAGAGTCCATAGGCTTCAGACTGCCAAA
chr1:80214543-80214561
TGCTGATGTCACTCAGAATACATATTACTT80214543TTAAGAACATGTGGAATAATGATAGAAACTTATTGTGCGTTAGGCCACA
chr1:81342765-81342783
CAAAAAGGAATATTCCTATGGTATAGTAAG81342765TTAAGAAAACTTGTATTATGATAAAGATACTGCTTTATTAGCAGTAATC
chr1:85326821-85326839
TATCATAAAGACATTTAAATCCTCCAATTA85326821TTAAAAACATGAGTATTAAGCTATTCATCTCCACATAATCAGAACCAGT
chr1:87193592-87193610
AATAAATTTAGAGCACCATCAGTATAGCCT87193592TTAAGAACACATGTTTGAATTTAAGGTTTACTAGAAATGTAAGGATTGA
chr1:88054221-88054239
TTATGCCTTGTTTATCTTAGTTTTCTTTTC88054221ATTAGAAAACGTGTATTAACTGAGAAGTTCTGAGTTAGTCTCTTGAAAG
chr1:98659523-98659541
TAAAGAAAGAGCCCTGGGACTTTTCATCAT98659523TTAAGACCAAGGGTATTAAAAAGAAAAGAAAAGAGCCAGCAAGGGAGGT
chr1:98780491-98780509
CAGTCACTCATCAATCTGCAGGGTCTTATT98780491TTAAGAACAAGTGGATGAATAAAAGGATATATTAAATAAGGTGTTTTTT
chr1:103467302-103467320
AATGGTAACTGAAGTTTTATCATTCTCAGT103467302TTAAGAACACATGAATGAAATCTCCCCACACTATATTTCCATGTCGACT
chr1:109301095-109301113
TTTCAAAAGGTAACATATTTAAATTAATAT109301095TTAATAAAATGTGTATTAACATCTAACCTTTTTTAAGTCTGTAGATTGT
chr1:161911911-161911929
GGTTCTTTCACTGCCTCCTTAATGTAAGTC161911911TTAATCACACTTGTATTAACAGTAGAAACACTCTGCAGTATCTCGTTTC
chr1:163988716-163988734
AAGAGTAGGTACAAGATACTCGGTTTACTT163988716TTAAGGACACATGTATTGAAAGTACATGGATGGAAACAGATATTCCATG
chr1:165157570-165157588
AAAAAGATTCATTTTATTAAATCACAACCC165157570TTAAGAACACGTCTTTTTAATATTTAGCGTGTTGACATGGGCAGCATGC
chr1:171354256-171354274
GGAGGAAACATACTGGCTAGCACTTTAGAT171354256TTAAGAACTAGTGAATTAAAGGTTTATAATCTGTAGGGAATGGAGAATT
chr1:171852937-171852955
GCCCCTGATTCCTCTTTTTCCTAAAATTAC171852937TTAAGCACATGTATATTAAACAAATGACTTTTCATAGTGGACTTACTCA
chr1:173614771-173614789
AAGTAGGGACACCAGTATTTAAACTCAATC173614771TCAAGAAGACATGTATTAACCCTTTTATTATTCTACCTATGTTATAGCC
chr1:177962624-177962642
AGATTTCTTACCTGCGAATGTTGCACATAT177962624TTAAGAACATTTGTATTACACAGGCTCCTATTTGATAATATTGAGCTTT
chr1:185873641-185873659
CTATTCATTATGTTTGGCATGCATTTCATT185873641TTAAAAACACCTGCATTAAATTTTTGTTTTTCACTAGATATTATTTCAG
chr1:190349799-190349817
TCAGTAAAAGTATCCCAAAGTCAAACTGAA190349799TTAAGAAAAATTGTATTAATATATGAGTAAATCTACAGGCAGAGTATAC
chr1:191572935-191572953
TATGTATGTGGGCATATATATCTTCTGTTT191572935TTAAGAACACATCTATTAAACATCAGTGTTGCATTTTCTCATGTAAAAC
chr1:193403827-193403845
TAGTTGAACTATAATATACATGTATTAAGA193403827ATAAGAATATGTGTATTAAGTGAATAAGAAATAAACTTTTATTCCTTGT
chr1:193823205-193823223
ATCTTATAAGCATAAATATGTTTTATTAAT193823205TTAAGAATACAAGTATTAAAATGAGGATACATTTAGATCAATAACAGCA
chr1:208102344-208102362
TTAATGTTTTATCACTTCTTCACCTTTTGG208102344TTAAGAGCAAGTGTATTATCTATTTTACTATTTACTAATTCAACTAATT
chr1:209710330-209710348
TTGCCCTTCTTCCTGGAACCCTGCTGATTC209710330TTAAGAACAAAGGTATTAATTAACATCCCCATTCAATCCCTCTGAAGTG
chr1:214076131-214076149
AATGGCACATTTTGGCAGATTCTCATAAAG214076131TTAAAAACACATGTATTACATGACCCAGTAATCTCACTCCTAGATATTT
chr1:215914801-215914819
TTAATCTCTATGCAAGCTGACCCCAGTGCC215914801TTAAGAACAGGAGAATTAAGATCCATTGGGGCTGCTTCAGGTGTTTTGA
chr1:216553830-216553848
GTTTGTGTGTTTTTCATTTAATATGATAAG216553830TTAAGAAAATGTGTATTATTTTAAAGGAAATTCCAGTTATTTTCCAGGC
chr1:236610015-236610033
TGTAAATTTTTGGTTTTGAGTATATATTTT236610015TTAAAAACACGTATATTTATGCAAAATAGTGTTACATGTTTCATTTCTG
chr1:237001558-237001576
AGACTGAAATTACTCCAAGTATTTTGGGCT237001558TAAAGAACAAGTATATTAAAATTCTATCTCTGACATACTACTATTTTTT
chr1:242543323-242543341
ATCTGTGGCTATTGCTTCTTGGCCTTTAGC242543323CTAAGAACAAGTGTATTATCTGTGATTTTCATGAGGACACTTTAGAATA
chr1:247928733-247928751
TCAATATACATTTAGAACACAAATCCATGA247928733TTAAATACACGTGTGTTAATACTTTCCCACAGTGGCTTGCCTTTTTGTT
chr2:3656768-3656786
TAAGTGGATTTTGTGATTAGCTGAGAGATA3656768TAAAGAAAACGTGTGTTAAATCCTCTTCTTTAGAAAGTCTTGCTGTTTT
chr2:9976132-9976150
ATAATGAATTGTTCCTGAGCTTCTGGTGGA9976132CTAAGAACAATTGTATTAAAATTTTTTTTGGATCCTTATCCAATTTCAT
chr2:30439191-30439209
TGTCCAGAAATTCCACTCCTAGGCATATAG30439191TCAAGAAGACATGTATTAAGATATTCACTGCAGTACTGGAAACAGCTTA
chr2:30762415-30762433
ACAGGCTTGGCTGGTCTATCTTCAACTTAT30762415TTAAGAACATGTGTTATAAAACTATATAAACAAAAACCTTAGATTACCA
chr2:32532424-32532442
GAATTTTACAAGGCAATAAATGAAGGTATT32532424TTAAGATCACCTCTATTAAAAAATGGTTTAATTTTTAAAAACTATCATT
chr2:32547772-32547790
TTTTTCATTTTCATGATACCATTCCCAAAG32547772TTAAGAACATGTGTCTTAGGCCATGTGCAGTGGTTCACACCTGTAATCC
chr2:34628274-34628292
TCTCAGCAACTTGGCAGATTGCACAGCAAT34628274TTAGGTAGACGTGTATTAACTTAGTAGCACCACCCATTTATCCATGTGA
chr2:47178268-47178286
CAGAAGAGCTCCATAACAGGGCAAGCCCAT47178268TTAAGTCCACGTGTATTTATCAAGCACCTACTGAGTACAAGACACTGAG
chr2:49524426-49524444
CCCAGAGGGGGCAAAGCATATTGGTGCTGG49524426TTAAGAATTCGTGTTTTAATTCAATCCAGGGATAAGCACACTGTCTTTG
chr2:53874386-53874404
TACACTTTCTAGCTTCCTAAAAAATATTTC53874386TTAATAACTCCTGTATTAATAGGATAAACAAAACTACAGCCCACAGACC
chr2:53999622-53999640
TGAGCCACCGCGCCCAGCCGTGGGATTTTT53999622TTAAAAACAAGTTTATTAACTAAGAATTTTGTGGTCCCCTTTGACATTA
chr2:56285853-56285871
GCATTTTTGTCATAGACCTGTTGGCCTCTT56285853TTAAGAAAATGTGTATTTAGAGTGTTTGCTCATTTTTTAATTGGATTTT

Data Export:

Maximum 100000 results can be retrieved in various formats shown below:

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/hg19/3/-/nogap/TTAATACACGTGTTCTTAA
lang : en | db : hg19 | k : 3 | strand : - | nogap : true | query_string : TTAATACACGTGTTCTTAA | format : html | download : | debug : 

0.011 | 0.011 | search_start;
8.000 | 7.989 | search_minus_done; http://172.18.8.78:28018/match?q=TTAAGAACACGTGTATTAA&k=3&no_gap=1&offset=0&limit=50
8.012 | 0.012 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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