GGGenome Help | Japanese

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2024-05-05 21:06:31, GGGenome : Human genome, GRCh37/hg19 (Feb, 2009)

Summary:

Results:

Matches are highlighted with blue background. Mismatches and indels are marked in red.

chr1:10318816-10318834
TTGCTTTAACAGTTATTTTTATTTGGCGAA10318816CATTTATGCGGGGATTGTTTTATGTCAGGCACAAAGATGAACAACCCAT
chr1:12053360-12053378
CTTACATGAATTTAATACACGTGTTCTTAA12053360CAATTGTGCTTGTATTGTTCATGAAAATTTCGTAAGACATTAAACAAAG
chr1:17094240-17094258
ATATTTCTATGAGACAGTGCTGCTCTAAGG17094240CGATTATGCTTTGTTTGTTTTGAGACACTCACAGGTGTATGTGAGCATT
chr1:22016660-22016678
AAAATACTAAGACTTATACCCTATTTAAAT22016660AAATTATGCATGGATTCTTAAAAAAAAAAAAAAGGCTTCAGAGTACAAA
chr1:23470484-23470502
TATCTACCTTCAATCATAACTCAGTCTAAT23470484CCAATATGCTTTGATTGTTATACTCTCTGCATTTCCAGTAACTAATATG
chr1:36166204-36166222
TACAATATCATTATCATGCTTTTAAAAGGC36166204CAATTATGCTTGTTTTTTTCTTTTTCAACTTTTTATTTTGAAAAATTTA
chr1:41088015-41088033
CACCTGATTGTGTGGGCTTCCCCTGCTCTT41088015CAATCATGCTTGTTTTGTTTTGCCCCAACCTCTTCTGACGTGAGTGAAA
chr1:52268250-52268268
TATATTTAGGCCTCAGAGGCTGACAAAGTA52268250AAATTATTCTTGGCTTGTTGCTGATGTCAGTGATCATCATTTTATCAGT
chr1:60083486-60083504
CACTGCTATGGTGGCATTGACTTTCTGGAA60083486CAATTGTGCTTGGATTGAGTCACAAGGTCACAATGCAACAAGTTACTAT
chr1:61832107-61832125
TAGAAAAACATTCAAAATTCCAAATGCCTT61832107CAATTATACTGGGATTGTAAAACAATTAACAGACACAGTTACATCCACC
chr1:64011135-64011153
TATCTTTTTGTGTTAACCATATATTACTGC64011135CAATTATAATTGGATTTTTTTGAGACGGAGTTTCCCTCTTGTTGCCAAG
chr1:69740736-69740754
GTTCCTTTGAATATTGAATAAAGCAAAACA69740736AAATTATGCTTGGATATTTCTTAATTTCTGCATAAGGAGGATAATGATA
chr1:70845241-70845259
TAATTTACTAATTTGCTAATTAGCTAATCC70845241CAATTATGTTTGGTTTCTTTTGTTTGTTTATTTTGTTTTGTTTTTTTGA
chr1:73137926-73137944
CTTGAGTCATGGATTTGGAGAGATTCTCAC73137926CAAAAATGCTTGCATTGTTCTCGTATGTGAATAAGAAGGTAACTTTTAT
chr1:73933788-73933806
GGTCCCTGTTGATGGTTCCTCTTTAGGGTC73933788CAAATATGCTTGGTTTCTTTGATGTCTCTGAAAGCTCCAACTTGGTTTA
chr1:78181662-78181680
GTGCCTAGCACAGTAGCTGGAATATAGGAA78181662GAATTATGCTTGTATTTTTTTTTCAGTTTGCACGCTTGCCACCATTCCT
chr1:79409194-79409212
AATAGTATTTGAATATGGACTAAAGGTAAA79409194GAATTTTGCTTGGATTATTTCTTGCCCTGTATCAAAGTCTTCCATTTTT
chr1:80081381-80081399
TTGAACTAAGGAGTCATCATGAAGAACATT80081381TAATTATGCTTGAAATGTTTGCCTCACATGTTTGATATGAAGTTTGGAG
chr1:90040881-90040899
GCCTATGCCTTAAAAGAGCTGTAGCTTTCA90040881CTTTTATGCTTGGAATGTTGTCTTAGAACCCACCCACCATGCTATGTGA
chr1:93876083-93876101
CCTTCAGATGAGATATTTATTCATTCTTAT93876083CAATTATGCTTGAACAGTTTCTTAAACAAAGCTAGCCATGAACTCAAGT
chr1:96355687-96355705
ATAGAACGACATTAACAGGCATCACTAAAT96355687CAATAATGCTTGGTTAGTTTTCGATGCTATTTTCTATTAGGAGCAACTT
chr1:97057877-97057895
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chr1:104554970-104554988
CTAACTGCAAATAATCACCCAGAAGAAAGC104554970CAGTTTTGCTTGGATTTTTAAAATATTTGTGGGATACTCAAAGGTGGGA
chr1:106003568-106003586
CTATTTGAAGATTTTTTTGGGAATATTGGA106003568CAATGAGGCTTGGATTATTGTCCATGTTCCATTTTGACACTTTTTGCAG
chr1:115918684-115918702
TATTGAAGCACTTAGGAGGGACATCTAATC115918684CACTTGTGATTGGATTGTTAATTTGTAGGTCAAGAAAGTGTTGTTTTGA
chr1:118958121-118958139
AAGAATGAAACTCCGTCTAGGAAAAAAAAA118958121AAATTTTGCTTGGAGTGTTTCCTTTTAAAAAGTTCTTTCCTTTTTTTTC
chr1:120851444-120851462
AGATAGGTTGTCAAGGGTCTTTAAATCCTC120851444CAATTATGTTTAGATTTTTGTAGATTTGATTTTTTTATCTGGGACTCAA
chr1:152809800-152809818
GAGCAGAACACTTTAATGGGGTGGCAACCA152809800CTATTCTTCTTGGATTGTTTCTCCCACCATCGATCCTCCACCCTACAAG
chr1:159845461-159845479
AATGTCTATAATTTTGTATCCCTTCAATTC159845461GAATTTTGCTTGGCTTGTTTCCTTTTGAAAAATTCTAATGTTGTAGAGT
chr1:163414806-163414824
GTAAATTCTTGCAGGATAAAAAACACTTGG163414806TAATTATGCTTGGCTGGTTTAGGAGAACAATTTTCCTCATACAAAATAA
chr1:172148784-172148802
TGTGTATATTTTAATGATGCTATGCCGGAT172148784CATTTCTGCTTGGATTATTTGTGGCCTTATTTAATTCTGGACTTATTTT
chr1:175598936-175598954
ACAAAATAGCCTTGAGGGGTCTGAAGCTCA175598936CTTTTATCCTTGGATTGTTCTTAAAGAGCTAGAATGGGACAGACACAAT
chr1:187224030-187224048
GAGGTAATATTTGGAAGTGAATTTTTAATT187224030CAATTATGACTGGATTTTTGTGCTTATTTTTGCTTGTTTTTGTGTAGTC
chr1:189242183-189242201
ATATGAATGTAAATATTTTAACAATAAAGT189242183CAATATTGCTTTGATTGTTGGATTAGCAATGTCAAAGGAGGATGAGCTG
chr1:190499623-190499641
TTGCTTTTTGGAATAATTGTAGGGCCAATA190499623CAATTATGATTGCATAGTTAAGAATTCAAAGACATGTCTAAGCTGGTCT
chr1:199118045-199118063
GACAGCATGTAACACTTTTTACAGGGTAAA199118045CAATAATGCTTAGATTCTTTTCCTTTAGCAGCAAAAAGGCTCTGCTCTC
chr1:199410204-199410222
AATTTAATTGTGCATTTTAAAATAACTAAA199410204CAAATATAATTGGATTGTTTGCAAAACAAACGACAAATGCTTGGAGTGA
chr1:201133602-201133620
TTAGTCAAGATGCTAACTTGCAATCTAACT201133602CAATTTTGCTTTGATTATTAAGCTGAGCCATATAAAATTGCCAGTATTT
chr1:202028438-202028456
AAAACTGAAGGATATTTAGTTCAGTTTTTG202028438GAAATTTGCTTGGATTGTTTCAGTGGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTT
chr1:204334763-204334781
AAGCTCTGGGCTGGTAGCTGAAGCAGAAAT204334763CAATTATGCCTGTGTTGTTTGTCTCCCAATGTTTATCATGCATGCATTC
chr1:206150909-206150927
AGCTAGGTTGTCAAGGGTCTTTAAATCCTC206150909CAATTATGCTTAGATTTTTGTAGATTTGATTTTTTTATCTGGGACTCAA
chr1:213213239-213213257
ATTACATTAGCCTAACTTACTCATTCTTAA213213239CAATTATGTTTGAATTGCTCATGGCAAACAAGGCTGGCCATCATCTGAA
chr1:219296428-219296446
CTAGTATCATCCATCCTGCAGAGCAATTAT219296428CAAATATGCTAGGATTCTTAGTTGTGATAACAGAATTCACTCTACCTTC
chr1:225696382-225696400
TATGTAGTCAGTGACTCACTAGTTGGCTGT225696382CTATTGTGCTTGAATTGTTTTTCTAATCTGGGCTGACTCACTGATGCTG
chr1:226233895-226233913
AATGCTACTAGTGGTAGTGATAGGGTAATG226233895GAATTATGAGTGGATTGTTTTCTTGATCTATTCTCTATTTTCCAATGTG
chr1:235984402-235984420
AACATAATATCAAATGGAAATAGTAATAAA235984402GAATTATGCTTGTATTGGTCCCACGTAGAACTTCTTATTAAAAATATTA
chr1:241430847-241430865
CCTCTGGAAGTGCATATTCTTTGGTTTGAG241430847GAATTATTCTTGCATTGTTTCCACTGATTTCTCCCCCTTATTATCTCTC
chr1:242094825-242094843
TAGGTCTGTAGGGAGAGAATGTTCTGATCA242094825CAATGATGATTTGATTGTTTTTATTCATGTAGTGTTTTGTGTTGTGGTT
chr1:248783560-248783578
ATGCACATCTTTGTAACCAGGTCACAAGAA248783560TGATTTTGCTTGGATTGTTTGGTGGCCTCAGACATAGGGTTCAGAAGCA
chr2:4215353-4215371
TTGACATTTGTATATTAACCTTATATCCTG4215353CAATTTTGCTATGATTGTTTATTAGTTTCAGAAATTTTTTCATTGGTTC

Data Export:

Maximum 100000 results can be retrieved in various formats shown below:

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/3/-/nogap/AACAATCCAAGCATAATTG
lang : en | db : hg19 | k : 3 | strand : - | nogap : true | query_string : AACAATCCAAGCATAATTG | format : html | download : | debug : 

0.010 | 0.010 | search_start;
6.483 | 6.473 | search_minus_done; http://172.18.8.78:28018/match?q=CAATTATGCTTGGATTGTT&k=3&no_gap=1&offset=0&limit=50
6.495 | 0.012 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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