GGGenome Help | Japanese

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Search for: both strand plus strand minus strand

2024-05-03 02:59:12, GGGenome : Human genome, GRCh37/hg19 (Feb, 2009)

Summary:

Results:

Matches are highlighted with blue background. Mismatches and indels are marked in red.

chr1:5318914-5318932
ACATGGTGTCCATCTTTTCTACTTTGTCCT5318914TTAACACAAGTGTTCTCAACCCTCCCCTTCCCCCCAAGGCCATGGACTA
chr1:8920386-8920404
GCCACTACAACTCGCTTCATCTCTCACTTT8920386TTAATAAACGTATTCTTCACACCCCGTGTTCAGCATTACCCTAGAACAG
chr1:12053341-12053359
TCATAAAACTTTTATTCCACTTACATGAAT12053341TTAATACACGTGTTCTTAACAATTGTGCTTGTATTGTTCATGAAAATTT
chr1:19167387-19167405
GGCATTCAACCACTGACTCAAAGAATGCAT19167387TCAATACACGTGTTTTTGAGCACCATCCATTGTGACAGGGACCTGGGGT
chr1:42998130-42998148
CTTATCACTAAATAGACCATCTTAGTGCTG42998130TTATTACACGTGTTCTCAGAGAACATGCTTAAAATAGAAGAAATGCTAG
chr1:51507448-51507466
ACCTATAGGAAAAAGTAAATATAAAAATAA51507448TTAATACAAATGTTCTTATTATTAATAAATAATAAATTACTATTATTAT
chr1:59293728-59293746
GGATAAGTACAAAAAGGAAGAGTTAAACAT59293728TTAATACAAGGGTTCTCAACCCCCAGGATGCAGACCAGTACCCATCTGT
chr1:69355433-69355451
TTCCTTCTTTTGCTGAAAACTGCAGGCCCT69355433TTAATTCACGTTTTCTTGATATTTTGCCCTTAAGATGGAGAATACAACT
chr1:71767248-71767266
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chr1:72604071-72604089
ACCTAAATGTAATTATATGAGTAATCACAC72604071TAAATACAAGTGTTCTAAATACCTTGATTCAGAGGCAAAGATTGTCAAA
chr1:76194064-76194082
CTGATTAATGTTTAACTTATCAAATTTATT76194064TTAATAAAAGTGTTCTTTACAGGTCCTGAGAAGTATTTCTCGTTTTCAT
chr1:76330235-76330253
TACTGGTTTTAAAATTTTAGCCGTAGCATT76330235TTAATAAACGTGGTTTTAATTTGTGTTTTCCTATTAATGAGGTTGAACA
chr1:80184442-80184460
TCTAAATACAATGTGTGAGCAAGCTTTGGG80184442TAAATACACTTGTTCTAAATGCGAGAAATTGGCCAAAACAAAGGGGCTG
chr1:81511880-81511898
TACTGAACATATGGAGTAATGAGAGGATTT81511880TTAATGCAGCTGTTCTTAAGCTTCAAGGTGCATCCTAAGTATCTGGAGA
chr1:85905595-85905613
ATTCATAATGCTAATAAGACTACAGCATTT85905595TAAATACATGTGTTCTAAAACAGTTCAGATAGTAGCCTTTGATATGATG
chr1:88212817-88212835
ATTTCACTTTGCTATAAAGTCTCATGATCC88212817TTCATATATGTGTTCTTAAATCTGCATTATTAGTCACTTCCACATCTAT
chr1:93456178-93456196
AAACCTCACTGATCTAATCATGCCCCAGGG93456178TTTATCCACGTGTGCTTAAGAGAAGGAGTAAGTGATAGCCTTCATGGCT
chr1:99880177-99880195
GACCTACCACATGAAAACACCTATTCATCC99880177TCATTACATGTGTTCTTAAATCTTCTAAACTGAAGAAGGCCATATCATA
chr1:105532201-105532219
TACTTAAGCACAAAATACTAATAGTGAGAA105532201TTAATACACGTTTTCTCACAGATCTAAGAAAATTAAAGGTTATGGGGAA
chr1:113715918-113715936
CGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA113715918TTATTAAAGGTGTTCTTAAACCACAAACAATAGCATGAGCGATCTGTGC
chr1:118712907-118712925
AAGATGTGATTTTAAGCAGCTCATGTTCTA118712907TTAATACTTGTGTTCTAAAAAACATGAAATACATAGCAACTACTTCAAG
chr1:119562515-119562533
GAATAAAGTGAGATAGGGAAGCAATTACGC119562515TTAATACAGATGTTGTTAATTTGGTATTAATATGGATCTAAAAGCAAGA
chr1:159350829-159350847
AAAATTGGAAAGTGCATAAATTTGTGGATA159350829TTAAAAAACGTGCTCTTAAACAATCAATGGATTAAAGAAGAAATAGCAA
chr1:164047558-164047576
AGTAAAGTCCATTTAGTTTTATTAATGATG164047558TTAATACATTTGTTCTCAAATCTTGCCATTATTTTATATTTTAATTACT
chr1:166993517-166993535
TTAATGGGGGAAGTAAACAATTACAGTGCA166993517TTAATAAAAGTGGTCTTAAGTATGAGGACAGATGTATGTAAATCATTGG
chr1:188258593-188258611
TCCCAGTACAATGAGAGTACAGGCAATGGG188258593TAAATACACCTGTTCTAAATGGAAGAAATTGGCCAAAACCAAGGGCTTA
chr1:193122806-193122824
TCAAATTGGGATTGGATATCAGATATTTTG193122806TTAATATACTTGTTTTTAAATTGTCATCAGATTTGTTTTTGTATTATTA
chr1:193313957-193313975
TCAATTCCATATTCCTACAGCAACATTTGA193313957TTAATACACGTCTTCTAAGAGCAATGCTTCAGTGTTATTTTAAGACTGG
chr1:193943187-193943205
GAGTCCATATATGCTCCAGTATCCATCAAT193943187TTAAAACTCATGTTCTTAACAATAGATCCTGACTTCATATATTAATCAC
chr1:195666174-195666192
TCTTTTAAGTGTTTTATTTTTCAAGTACTC195666174TTAATTCACGTGTTCTTCACAGCAATCATCTGAGGTAAGTTGTATTATT
chr1:195695457-195695475
TTTATTAAGCTATTACATTTTTAAACATAT195695457TTTATACACATGTTCTTTACCAAGTATGTGATTTGTTATTTTTTATTTC
chr1:195779331-195779349
TCAAAGAAAATGTTAATATATTTGATTGTT195779331TTTATACAGTTGTTCTTAAAACTAATGGATGATAACTGTTTTACTGAAC
chr1:199112797-199112815
CATGAAACAATTGTTAACTAGAAAATGCTT199112797TTAAAATACTTGTTCTTAATTTATTCTATCTGCAAACTTAGTATATTAG
chr1:202317387-202317405
CTTCCCCACGCTCATTCACATTTACCGTGA202317387TTAATACACATGTTAATAAAACCCTAGACTTAGAACTAGGATATAGAAT
chr1:212621592-212621610
CGTGATTCACTGATTTTTTTTTTCCTTAGT212621592TTAATACAAGTGTGCTTCACTTTAAGCAAAATATACTAAATGATTTCTG
chr1:216218034-216218052
CCATTTTACAAATTCAGAAACTAAGACAAG216218034TTAAAACACTTGTTTTTAAGACCACATTCTTCAACACAGCCGGAATGCT
chr1:216456314-216456332
TTTCTAAATATTTTAATCTTTTGGTGATTT216456314TTAAAAGACGTTTTCTTAATTTTATTTTCAGATTGTTCAGTGCAAATAT
chr1:216822910-216822928
ACACACATACATATATAATGAATCATACTA216822910TTAATAAACTTGTTCTTATATATATATTTACTTAGTAATGTATCTTGGT
chr1:218632429-218632447
TTATCAGCACTATTAAGTGCTTCGCATTTA218632429TTAATACACGTAGTCTTTACAACAACCCTATGAGACAGAGTCTATTACA
chr1:219093087-219093105
CTCTGTTAATGTTGACATTCTGACCTCCTA219093087TAAATACAAATGTTCTTAATGACATCTAGAATGGTCAATCCTTTCTACA
chr1:224397201-224397219
TGACTGATTTAGGTACAGGAGAGCAGTTTG224397201TTAATACACTTGTGCATAACTTTGCTCACCTTCTTTTTCTGTTGCTAAA
chr1:227559147-227559165
TCTCTGTGTGTGTGTGTGTAAATTATTCTC227559147TTAATACAAGTATTCTTCATCCTGTAGCAAAGGGAAAACGTCTGCCAAA
chr1:237746956-237746974
CTTTTTGGCCATTTGGTTTGGGTTATATAT237746956TTAATACATGGATTCTTAACTGTATTTCAGAAATGTTAAAATTTGAAAT
chr1:237964054-237964072
TCTGAAAAAATGAAAATTAACACATATATT237964054TTAATATACGTGTTTGTAATCTGCAAAGATCACAAATATTTACTTTAGT
chr1:238753927-238753945
GAGTGGCAAATAGTAGTTATGGTCAAAAAA238753927TTAATACACTTGTGATTAATGAATGAAACGCAATAAAACAAAAGACAAA
chr2:6697272-6697290
GACTGTTAAGGCTGCCAGGCAGGTTAAAAT6697272TTAATACACGTGTAATTAGTGGTAAAGTAGAAGAGAATCTTCAAGTAAA
chr2:16429746-16429764
TAGGCAGCCTCTGTGAACACACATGGAGTT16429746TTAATACAAATGTTCCTAAACATACATGGCTTTGAGTGCTCCAAAGAAA
chr2:22077310-22077328
TGTGATTAGCATTTGAATAGCGGGATCATC22077310TTAATACTCTTGTTATTAATATGACAGGTTTGATTTTCTCAAAGGTGAC
chr2:33683236-33683254
GGTCCAAAATCGGACTTATGTTTATTTTAC33683236TTAATAAATGTGTTCTTGAATCGTATGAGTTGAATTTTGGTTGGTTGAA
chr2:34736467-34736485
CCTAGAACTTAAAGTATAATAATAGTAATA34736467TTAATAAAAGTGTTCTGAACTAAAGCCTAGGAAAAGGCGTAAGCACAGT

Data Export:

Maximum 100000 results can be retrieved in various formats shown below:

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/3/-/nogap/TTAAGAACACGTGTATTAA
lang : en | db : hg19 | k : 3 | strand : - | nogap : true | query_string : TTAAGAACACGTGTATTAA | format : html | download : | debug : 

0.010 | 0.010 | search_start;
6.968 | 6.958 | search_minus_done; http://172.18.8.78:28018/match?q=TTAATACACGTGTTCTTAA&k=3&no_gap=1&offset=0&limit=50
6.980 | 0.012 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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