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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-24 00:57:28, GGGenome : Cave fish genome, AstMex102 (Apr, 2013)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

KB882202.1 dna:scaffold scaffold:AstMex102:KB882202.1:1:6422343:1 REF
position: 2697461-2697475
TATTAACAATTTTACACCAGTGCTCTATGA2697461TTCATTGACAACATTTGGTAAAGTCAGTACATATTGGTCATTGCT
KB882208.1 dna:scaffold scaffold:AstMex102:KB882208.1:1:2159269:1 REF
position: 556034-556048
GATTGATAAAGTAGGGCCCTTGGATTTCTG556034TTCATTGACAACATTACATTATCACAGCTAGAACCTTAGTAATTT
KB882160.1 dna:scaffold scaffold:AstMex102:KB882160.1:1:2574683:1 REF
position: 954784-954798
GGCTTTAGTTCCCTCAAGTTTTGTGCCTCA954784AATGTTGTCAATGAAACTATCATTTGATGCCAATGCTAAAATGAA
KB872056.1 dna:scaffold scaffold:AstMex102:KB872056.1:1:296072:1 REF
position: 270771-270785
CAATATCAACTCAACATTTTTAGAGAACTG270771AATGTTGTCAATGAATCTAATACAAGCAACAGATACCTCTATTAT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/AstMex102/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : AstMex102 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.080 | 0.071 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28120/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.084 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28120/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.086 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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