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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-22 10:32:00, GGGenome : Cross-reactivity check for COVID-19 diagnostic primers (7 CoV + 32 organisms in WHO EUL), NIHS 2020/5/1

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

NZ_LNXT01000014.1 Legionella birminghamensis strain CDC#1407-AL-14 Lbir_ctg015, whole genome shotgun sequence
position: 21349-21363
AATAATCTGCTCGTCACGTTGGTCGACATC21349AATGTTGTCAATGAAAGACTTATCGATTTTTAAGCGGTCAATTTT
NC_003997.3 Bacillus anthracis str. Ames, complete sequence
position: 1526492-1526506
GCTATCTTCAATGAATATTGTCCCTTCTGG1526492AATGTTGTCAATGAACACCGTATTGTTAGCTGGAACCGTTCCGAT
NZ_CP009913.1 Streptococcus salivarius strain NCTC 8618 chromosome, complete genome
position: 336794-336808
AATTTGTGTTTTCATATAAAATCCTTTCAG336794AATGTTGTCAATGAATAAAATTGTTTAGCCAACTGAAATATCAGT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/COVID19-primercheck-EUL-20200501/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : COVID19-primercheck-EUL-20200501 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.084 | 0.075 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28831/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.087 | 0.003 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28831/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.089 | 0.003 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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