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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-04-26 14:31:23, GGGenome : Coffea canephora genome, v1.0

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

chr8:1018903-1018917
AAATTTTCTTTTCCCTTTCTTGTAGTCATT1018903TTCATTGACAACATTCCTTATTCTTATAGTTGCTACTCTATTTCC
chr0:9398520-9398534
TAAGAGCACTTGATAAATAAATCAAATTTC9398520TTCATTGACAACATTTTGTCATCATAGATAGGAAACTCCTAAGTG
chr5:19002020-19002034
TAATGGCTTTCTAACTAGAATCGAAATTGA19002020AATGTTGTCAATGAAATCGAAGTTGAGATTGAAACTAATAATAAG
chr8:22268631-22268645
TAAATGGCAATTCTGAGTGTGCAAAAGTTA22268631AATGTTGTCAATGAAATTTAGCAAAACCTTAGGAGCGTGAGCTGT
chr11:4972915-4972929
ATTCTATATATCATTTGTATCAATGTCCTC4972915AATGTTGTCAATGAAGTGAAAAAATTGAACTTGTAAATGTTGTGA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/Ccanephora_1.0/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : Ccanephora_1.0 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.083 | 0.074 | search_plus_done; http://172.18.8.72:28285/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.088 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.72:28285/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.090 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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