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データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2021-07-26 09:40:06, GGGenome : Carica papaya genome, ASGPBv0.4

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

supercontig_34:309640-309654
GTATTACCTTTTCTTCCTTTTTAGCCATTC309640TTCATTGACAACATTTGGCTTGAAGAAGGCAGAAGATGCAAAATC
supercontig_34:334726-334740
GTATTACCTTTTCTTCCTTTTTAGCCGTTC334726TTCATTGACAACATTTGGCATGAAGAAGGCAGAAGATGCAAAATC
supercontig_21:2160960-2160974
AGGCTTTGATAGTTTTTAATTGATTGTTTG2160960AATGTTGTCAATGAAGGTCCAGATTAGAAGGAAAAAAAAATCTAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/Cpapaya_r.Dec2008/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : Cpapaya_r.Dec2008 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug :

0.007 | 0.007 | search_start;
0.078 | 0.071 | search_plus_done; http://172.18.8.74:28293/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.083 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.74:28293/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.083 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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