GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-04-20 03:36:34, GGGenome : Eucalyptus grandis genome, v2.0

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Chr06:29205232-29205246
TCAAGAACTAAATTATGTAGATTCCAAAAA29205232TTCATTGACAACATTGAATAAATTAAAATTTTAGGGATGACATGG
Chr08:34246771-34246785
CAGATAATTTTTTAATTATGTTGATTTTTT34246771TTCATTGACAACATTTTGGCTTTAAAATCATTATAATTATTAATT
Chr08:42244199-42244213
AGTTCAGGATCACATTTAACAAATTAAAAT42244199TTCATTGACAACATTGAACATTGGGCTAAAGATTATGGACTACAT
Chr02:17240370-17240384
GACCCATGGAAGAAGTTGCCCCCCATCCTC17240370AATGTTGTCAATGAAGTGCAATCACCTAAACTGTCAGGGATTTCA
Chr06:37994277-37994291
AAATGGACTCTTAACTTTGGTCAAATATGT37994277AATGTTGTCAATGAATTTTTAATTTGTGCAATGTGGTCTCTAAAT
Chr06:38121617-38121631
AAATGGACTCTTAACTTTGGTCAAATATGT38121617AATGTTGTCAATGAATTTTTAATTTGTGCAATATGGTCTCTGAAT
Chr06:56420150-56420164
GGACCCATGGAAGAAGTTGCCCCCATCCTC56420150AATGTTGTCAATGAAGTGCAATCACCTAAACTATCGGGGATTTCA
Chr06:56460222-56460236
GACCCATGGAAGAAGTTGCCCCCCATCCTC56460222AATGTTGTCAATGAAGTGCAATCACCTAAACTATCAGGGATTTCA
Chr09:30760665-30760679
AAATAATCTTTAAACTTTGGCTCAATGTAT30760665AATGTTGTCAATGAATTTTAATTTAATGTCTAATATGATTCCTAA
Chr09:30773737-30773751
ATATAATTTTTAAACTTTGGTTCAATTTGT30773737AATGTTGTCAATGAATTTTAACTTAATGTACAATGTGATCCCTAA
Chr09:30884804-30884818
AAATAATCTTTAAATTTTGGCTTAATGTGT30884804AATGTTGTCAATGAATTTTAGCTTAATGTGCTATGTGATCTCTAA
scaffold_90:6052-6066
AAATAATCTTTAAACTTTGGCTCAATGTAT6052AATGTTGTCAATGAATTTTAATTTAATGTCCAATATGATTCCTAA
scaffold_90:38102-38116
AAAAAATTTTTAAACTTTGGTTCAATGTGT38102AATGTTGTCAATGAATTTTAACTTAATGTACAATGTGATCCCTAA
scaffold_430:1608-1622
AAATAATCTTTAAATTTTGGCTTAATGTGT1608AATGTTGTCAATGAATTTTAGCTTAATGTGCTATGTAATCTCTAA
scaffold_464:9402-9416
ATTGTGGGGTGTAGAGATCAACACGGGATG9402AATGTTGTCAATGAAACTCCAAAGACAAAGGTAAAAGATAACTGA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/Egrandis_v2.0/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : Egrandis_v2.0 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.082 | 0.073 | search_plus_done; http://172.18.8.74:28299/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.087 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.74:28299/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.093 | 0.006 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).