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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-23 04:28:26, GGGenome : Heliconius melpomene genome, Hmel1 (Feb, 2012)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

HE670985 dna:scaffold scaffold:Hmel1:HE670985:1:89878:1
position: 18902-18916
CTTAACAAATCTCTGCTATTAAGACTGAAT18902TTCATTGACAACATTCCACAAGCATTTATTATAGCTCTTGTAAAT
HE668169 dna:scaffold scaffold:Hmel1:HE668169:1:181524:1
position: 98516-98530
CGTGACCAGGAAGGACAAGATGTGCTGCTC98516TTCATTGACAACATTTTCCGTTTCACTCAGGCTGGTTCTGAAGTG
HE671372 dna:scaffold scaffold:Hmel1:HE671372:1:212904:1
position: 147092-147106
GTCATCCTTTTTAATACCATTTATAAAATT147092TTCATTGACAACATTAAAAAATTGATTAGGAACATGGATATTTGT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/Hmel1/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : Hmel1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.080 | 0.071 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28145/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.084 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28145/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.084 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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