GGGenome Help | English

データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2024-04-20 19:31:31, GGGenome : Lottia gigantea genome, Lotgi1 (Jan, 2013)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

LOTGIsca_166 dna:supercontig supercontig:GCA_000327385.1:LOTGIsca_166:1:427803:1
position: 410244-410258
GCCCCTTATTTCACAACACAAAGCGCTGTC410244TTCATTGACAACATTAGAAACAGAAAAGTAGATTACTAACATTGA
LOTGIsca_52 dna:supercontig supercontig:GCA_000327385.1:LOTGIsca_52:1:1877736:1
position: 981473-981487
CATTATATTACCCTCAAAATATGGACCATA981473TTCATTGACAACATTAGACACGGTTTAATATGGCCATTTCGTCAG
LOTGIsca_27 dna:supercontig supercontig:GCA_000327385.1:LOTGIsca_27:1:3043282:1
position: 2985571-2985585
GCTTGGTAGCCTATGAGTCTTACTCTCTTT2985571AATGTTGTCAATGAAGGTAAACTAGTATAGCTCACTAGAAGCCAG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/Lotgi1/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : Lotgi1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug :

0.009 | 0.009 | search_start;
0.081 | 0.072 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28149/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.086 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28149/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.086 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).