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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-04-26 14:50:47, GGGenome : Melitaea cinxia genome, MelCinx1.0 (Jul, 2014)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

scaffold916 dna:scaffold scaffold:MelCinx1.0:scaffold916:1:135557:1
position: 16597-16611
AGTTAGTAAGTAATACAGCAACAAGTTGGA16597AATGTTGTCAATGAAATTGAAACTGTTGCATTCAGTGTAGGCTTC
scaffold4438 dna:scaffold scaffold:MelCinx1.0:scaffold4438:1:10243:1
position: 283-297
ATTCTAAAAAGTACTAAACGAATTAAATAA283TTCATTGACAACATTACTAAGAAGACGGCTTTAGTATATGGTGCG
scaffold4363 dna:scaffold scaffold:MelCinx1.0:scaffold4363:1:42275:1
position: 39222-39236
TTTCTGTTTAGTGAAGTTGCATTGAATGTA39222TTCATTGACAACATTGAAAATAGCTTTTATTAAAATACTAACTGT
scaffold5697 dna:scaffold scaffold:MelCinx1.0:scaffold5697:1:43761:1
position: 15691-15705
CGTGACCAGGAGGGACAAGATGTACTGCTC15691TTCATTGACAACATTTTCCGTTTTACTCAGGCTGGTTCTGAGGTA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/MelCinx1.0/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : MelCinx1.0 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.008 | 0.008 | search_start;
0.083 | 0.074 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28151/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.087 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28151/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.089 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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