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データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2020-12-04 10:07:13, GGGenome : Marchantia polymorpha genome, JGI 3.1

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

scaffold_1
position: 5373622-5373636
CAAAAAACTATGAATAATTCCATTGATTAT5373622TTCATTGACAACATTGGAGTGATTAGATCACTCAATATAGAATTC
scaffold_4
position: 2504290-2504304
GAAAATGCGTTAGATAATCTTGTTGAAACT2504290TTCATTGACAACATTGGAGTGATTGGACAATTCAATACAGAATCA
scaffold_34
position: 895867-895881
CGAATCGGAGTCACATGCTATCAATGCAAT895867TTCATTGACAACATTGTCAGATTTGCAAGCTTGGAAAGTGGAAGG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/Mpolymorpha_3.1/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : Mpolymorpha_3.1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug :

0.007 | 0.007 | search_start;
0.077 | 0.071 | search_plus_done; http://172.18.8.72:28284/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.083 | 0.005 | search_minus_done; http://172.18.8.72:28284/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.083 | 0.000 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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