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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2021-04-18 08:43:25, GGGenome : Nasonia vitripennis genome, Nvit_2.1 (Nov, 2012)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

1 dna:chromosome chromosome:GCA_000002325.2:1:1:33571687:1
position: 9771918-9771932
AGAATAATTTTACTGATATTTTACTCGGTT9771918TTCATTGACAACATTTCTGTCTGAGTAAGTAAAATCATTAAAAAT
GL341022 dna:supercontig supercontig:GCA_000002325.2:GL341022:1:4040552:1
position: 763082-763096
GACCTCAGAACCAGCCTGGGTGAATCTGAA763082AATGTTGTCAATGAAGAGCAACACATCCTGACCCTCCTGATCACG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : http://gggenome.dbcls.jp/ja/Nvit_2.1/TTCATTGACAACATT
lang : ja | db : Nvit_2.1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : TTCATTGACAACATT | format : html | download : | debug :

0.007 | 0.007 | search_start;
0.078 | 0.071 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28153/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.083 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28153/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.083 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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