GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2024-11-24 19:17:47, GGGenome : Sea hare genome, Broad 2.0/aplCal1 (Sep, 2008)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

scaffold_465:51321-51335
GACATTCTGTTAAAAAAGTGTGAAATCTGT51321AATGTTGTCAATGAACCTTTGTCACCCCTGAGGACTAACTGATCC
scaffold_1155:245389-245403
TTTTTTTTTTTTCCACAAAAGTGCTAGAGG245389AATGTTGTCAATGAAATTCACTTGTAAAAAGTTTCATAAGCATAG
scaffold_1538:70544-70558
TATTTTGATTACAATGAGGCTACTGGGAAG70544AATGTTGTCAATGAAACTGCTGCTGACCTGCGAGACGATAGATCT
scaffold_1946:9302-9316
GTGAGGACAGCTTTAATAGTTGGAGAGAAA9302AATGTTGTCAATGAACCATTTGTGTCGTGGGGAAAAAAATCATCT
scaffold_1957:36689-36703
ATGGTTCACTTTCCAACTTGGCAATAGGCT36689AATGTTGTCAATGAACGGTTGGTCAAGTTGTACTTCCACTTCCAA
scaffold_7633:2518-2532
TATTTTGATTACAATGAGGTTAATGGGAAG2518AATGTTGTCAATGAAACTGCTGCTGACCTGCGTGACGATAAATCT
scaffold_37:787145-787159
AAACAAGGTTCGTAGGATAAAGGATTCTTT787145TTCATTGACAACATTCTGTACCGCCTCAAAAAAGAGATTAAGTTT
scaffold_2673:38850-38864
TGTAAAACGGGGCTTTGGTCTTGTTGCTAT38850TTCATTGACAACATTTGTGCGTGTCCACCTCGTAAATAGCCCCGT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/aplCal1/AATGTTGTCAATGAA
lang : ja | db : aplCal1 | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AATGTTGTCAATGAA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.078 | 0.070 | search_plus_done; http://172.18.8.76:28114/match?q=AATGTTGTCAATGAA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.083 | 0.004 | search_minus_done; http://172.18.8.76:28114/match?q=TTCATTGACAACATT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=44
0.083 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).