GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-08 04:35:12, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Malus hybrid cultivar cultivar Flame chromosome 16.
CP141942.1:174634-174658
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT174634GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGCTATCTTAGACC
Malus hybrid cultivar cultivar Royalty chromosome 16.
CP141968.1:170569-170593
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT170569GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGTTATCTTAGACC
Malus hybrid cultivar cultivar SH6 chromosome 16.
CP143373.1:177488-177512
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT177488GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGTTATCTTAGACC
Malus hybrid cultivar cultivar SH6 chromosome 16.
CP143390.1:146760-146784
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT146760GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGTTATCTTAGACC
Malus sylvestris genome assembly, chromosome: 16.
OU696518.1:179135-179159
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT179135GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGTTATCTTAGACC
Malus domestica genome assembly, chromosome: 16.
OU696692.1:175811-175835
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT175811GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGTTATCTTAGACC
Malus domestica genome assembly, chromosome: 16.
OU744557.1:174061-174085
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT174061GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGTTATCTTAGACC
Malus domestica genome assembly, chromosome: 16.
OU744968.1:185223-185247
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT185223GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGCTATCTTAGACC
Malus domestica genome assembly, chromosome: 16.
OU745006.1:181157-181181
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT181157GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGTTATCTTAGACC
Malus x robusta genome assembly, chromosome: 3.
OY720327.1:175196-175220
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT175196GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGTTATCTTAGACC
Crataegus laevigata genome assembly, chromosome: 11.
OY756948.1:190055-190079
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT190055GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGTTATCTTAGACC
Pyrus communis genome assembly, chromosome: 4.
OY757071.1:165399-165423
TTTAGAAGTTTGGTGGCTGTTGAATTCATT165399GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTTAACACGTCCTAGGTACTGTTTTCTTAGACC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/AAAGGACCATAAAAACCTTGTAAGC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AAAGGACCATAAAAACCTTGTAAGC | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.094 | 0.085 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AAAGGACCATAAAAACCTTGTAAGC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.111 | 0.017 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GCTTACAAGGTTTTTATGGTCCTTT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.119 | 0.008 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).