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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-04 08:18:36, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

LJGAE94TF JCVI-LJ1 Lotus japonicus cDNA 5', mRNA sequence.
GO008404.1:136-155
GCAGTATTAAGTTAACAACAAGCCCCACAC136AACACACCAAACCAACCTCGTCATCTTCCACGCCACCCCCTATCTCTCTC
Lotus japonicus clone JCVI-FLLj-16K1 unknown mRNA.
BT137229.1:136-155
GCAGTATTAAGTTAACAACAAGCCCCACAC136AACACACCAAACCAACCTCGTCATCTTCCACGCCACCCCCTATCTCTCTC
Argyrosomus regius genome assembly, chromosome: 6.
OX336887.1:27590806-27590825
TGTGACAAGTCATGCAGTCATGTGAGGCGT27590806CGAGGTTGGTTTGGTGTGTTTTTGGTAAAGTCTGGATCTCTGTGTTTCTC
Lotus japonicus genomic DNA, chromosome 2, clone: LjB02I05, BM1153.
AP007849.2:62000-62019
GAGAGAGATAGGGGGTGGCGTGGAAGATGA62000CGAGGTTGGTTTGGTGTGTTGTGTGGGGCTTGTTGTTAACTTAATACTGC
Lotus japonicus B-129 DNA, chromosome 2, complete sequence.
AP022630.1:81666082-81666101
GAGAGAGATAGGGGGTGGCGTGGAAGATGA81666082CGAGGTTGGTTTGGTGTGTTGTGTGGGGCTTGTTGTTAACTTAATACTGC
Epichloe glyceriae strain E2772 chromosome 1.
CP098289.1:1978651-1978670
CCCAGCGAGGAGCGGCCTCCTAAAAAACAC1978651CGAGGTTGGTTTGGTGTGTTGTCTGTGCGAAACCGAAGCCGCAGGTCAAC
Pasiphila rectangulata genome assembly, chromosome: 3.
OY720238.1:1046284-1046303
GGTCTCGTAGTTACCCGTAACCATGTTGTT1046284CGAGGTTGGTTTGGTGTGTTTTTTACGTTTACCAAAACATTAACAGGTAT
Pasiphila rectangulata genome assembly, chromosome: 3.
OY720238.1:1101905-1101924
GGTCCCGTAGTTACCCGTGACCGTGTTGTT1101905CGAGGTTGGTTTGGTGTGTTTTTTACGTTTACCAAAACATTAACAGGTAT
Pasiphila rectangulata genome assembly, chromosome: 3.
OY720238.1:1144710-1144729
GGTCCCGCAGTTACCCGTGACCGTGTTGTT1144710CGAGGTTGGTTTGGTGTGTTTTTTACGTTTACCAAAACATTAACAGGTAT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/AACACACCAAACCAACCTCG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : AACACACCAAACCAACCTCG | format : html | download : | debug : 

0.008 | 0.008 | search_start;
0.191 | 0.183 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=AACACACCAAACCAACCTCG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.217 | 0.026 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CGAGGTTGGTTTGGTGTGTT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.221 | 0.005 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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