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データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2025-04-04 15:00:41, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

Fagus sylvatica genome assembly, chromosome: 8.
OU015768.1:32843090-32843111
GTTACTTGTCAACTCAACTTGCATCATAAG32843090CAATTGCATCAAATGAAGCATGATGCTCACCTCATACTGTGCTTGCCCACCG
Populus nigra genome assembly, chromosome: 7.
OX637678.1:3098684-3098705
GTCAGATTATGTCACATGTCTAGAACTTCA3098684CATGCTTCATTTGATGCAATTGCAGTTGGAGATATACAGCCGATGTTACAAC
Chymomyza fuscimana genome assembly, chromosome: 2.
OX465089.1:552507-552528
TGGCTATAGGCGAGAGTATAGAAAGGTTGT552507CATGCTTCATTTGATGCAATTGAAAGCCCCTAAAACCTCCATCCCATCCCCC

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CAATTGCATCAAATGAAGCATG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CAATTGCATCAAATGAAGCATG | format : html | download : | debug :

0.009 | 0.009 | search_start;
0.094 | 0.085 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CAATTGCATCAAATGAAGCATG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.108 | 0.014 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CATGCTTCATTTGATGCAATTG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.110 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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