GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-06 21:43:51, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

TSA: Raphanus sativus var. sativus RNA, contig: WG3_14459.
FX667952.1:1683-1703
AAAAAGAAAGATGAATGAATTGAATTCAAT1683CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTACAACCTCTTAATGATAGTAT
TSA: Brassica rapa subsp. pekinensis RNA, contig: CF3_4845.
FX698877.1:1735-1755
GAATTGAATTGAATTGAATTGAATTTCAAA1735CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTAGAACCTCTTAATGACTCTCT
TSA: Brassica rapa x Raphanus sativus RNA, contig: BB3_31465.
FX733158.1:1734-1754
AAAGATGAATGAATTGAATTGAATTTCAAA1734CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTAGAACCTCTTAATGACTCTGT
TSA: Brassica rapa x Raphanus sativus RNA, contig: BB3_16975.
FX739331.1:1672-1692
AAAAAGAAAGATGAATGAATTGAATTCAAT1672CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTACAACCTCTTAATGATAGTAT
TSA: Raphanus sativus RS08982 mRNA sequence.
JT793529.1:1772-1792
AAAAAGAAAGATGAATGAATTCAATTCAAT1772CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTACAACCTCTTAATGATATAAC
TSA: Raphanus sativus RS08983 mRNA sequence.
JT793530.1:1702-1722
AAAAAGAAAGATGAATGAATTCAATTCAAT1702CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTACAACCTCTTAATGATATAAC
TSA: Raphanus sativus RS08984 mRNA sequence.
JT793531.1:1101-1121
AAAAAGAAAGATGAATGAATTCAATTCAAT1101CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTACAACCTCTTAATGATATAAC
Brassica rapa subsp. pekinensis cultivar Inbred line 'Chiifu' clone KBrB028P01, complete sequence.
AC189300.2:14678-14698
GAATTGAATTGAATTGAATTGAATTTCAAA14678CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTAGAACCTCTTAATGACTCTCT
Brassica napus cultivar Xiang5A chromosome 3.
CP123878.1:27192893-27192913
AAAGATGAATGAATTGAATTGAATTTCAAA27192893CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTAGAACCTCTTAATGACTCTGT
Brassica napus genome assembly, chromosome: A03.
HG994357.1:27206528-27206548
AAAGATGAATGAATTGAATTGAATTTCAAA27206528CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTAGAACCTCTTAATGACTCTGT
Brassica rapa genome, scaffold: A03.
LR031572.1:27095219-27095239
AAAAAAAAAATGAATGAATTGAATTTCAAA27095219CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTAGAACCTCTTAATGACTCTGT
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 2.
LR778311.1:49908131-49908151
AAAAAGAAAGATGAATGAATTGAATTCAAT49908131CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTACAACCTCTTAATGATAGTAT
Brassica rapa genome assembly, chromosome: A03.
LS974619.2:27222373-27222393
AAAAAAAAAATGAATGAATTGAATTTCAAA27222373CAGGGTTTCCTAGATTGTGGGTAATTCGTTAGAACCTCTTAATGACTCTGT
BR045282 salt-treated whole plant cDNA library KBLS Brassica rapa subsp. pekinensis cDNA clone KBLS-080F07 5', mRNA sequence.
EX060638.1:1-21
1CCCACAATCTAGGAAACCCTGTTTGAAATTCAATTCAATTCAATTCAATTC
BR063872 silique cDNA library KBSP Brassica rapa subsp. pekinensis cDNA clone KBSP-028G07 5', mRNA sequence.
EX079228.1:87-107
AGAGAGTCATTAAGAGGTTCTAACGAATTA87CCCACAATCTAGGAAACCCTGTTTGAAATTCAATTCAATTCAATTCAATTC
BR065211 silique cDNA library KBSP Brassica rapa subsp. pekinensis cDNA clone KBSP-047E11 5', mRNA sequence.
EX080567.1:87-107
AGAGAGTCATTAAGAGGTTCTAACGAATTA87CCCACAATCTAGGAAACCCTGTTTGAAATTCAATTCAATTCAATTCAATTC
RR2GA24TF RR2(MS) Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum cDNA 5', mRNA sequence.
FD971059.1:121-141
GGTATATCATTAAGAGGTTGTAACGAATTA121CCCACAATCTAGGAAACCCTGATTGAATTCAATTCATTCATCTTTCTTTTT
Raphanus sativus mRNA, clone: RSCF06M12, 5' end sequence.
FY429527.1:94-114
GTTATATCATTAAGAGGTTGTAACGAATTA94CCCACAATCTAGGAAACCCTGATTGAATTGAATTCATTCATCTTTCTTTTT
Raphanus sativus mRNA, clone: RSCS07E11, 5' end sequence.
FY448354.1:104-124
GTTATATCATTAAGAGGTTGTAACGAATTA104CCCACAATCTAGGAAACCCTGATTGAATTGAATTCATTCATCTTTCTTTTT
Raphanus sativus mRNA, clone: RSCS11F04, 5' end sequence.
FY449771.1:42-62
GTTATATCATTAAGAGGTTGTAACGAATTA42CCCACAATCTAGGAAACCCTGATTGAATTGAATTCATTCATCTTTCTTTTT
Raphanus sativus mRNA, clone: RSCS24O02, 5' end sequence.
FY454617.1:78-98
GTTATATCATTAAGAGGTTGTAACGAATTA78CCCACAATCTAGGAAACCCTGATTGAATTGAATTCATTCATCTTTCTTTTT
Raphanus sativus cultivar WK10039 clone RsH043B06, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, 23 unordered pieces.
AC255149.1:70447-70467
GTTATATCATTAAGAGGTTGTAACGAATTA70447CCCACAATCTAGGAAACCCTGATTGAATTGAATTCATTCATCTTTCTTTTT
Brassica rapa subsp. pekinensis cultivar Inbred line 'Chiifu' clone KBrB045B23, complete sequence.
AC189360.2:9896-9916
AGAGAGTCATTAAGAGGTTCTAACGAATTA9896CCCACAATCTAGGAAACCCTGTTTGAAATTCAATTCAATTCAATTCAATTC
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 4.
OY743210.1:3742369-3742389
ATACTATCATTAAGAGGTTGTAACGAATTA3742369CCCACAATCTAGGAAACCCTGATTGAATTCAATTCATTCATCTTTCTTTTT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CAGGGTTTCCTAGATTGTGGG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CAGGGTTTCCTAGATTGTGGG | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.165 | 0.156 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CAGGGTTTCCTAGATTGTGGG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.671 | 0.506 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CCCACAATCTAGGAAACCCTG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=37
0.678 | 0.007 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).