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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-03-14 21:46:43, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Raphanus sativus mRNA, clone: RSCS01L15, 5' end sequence.
FY446457.1:244-263
CCGTGACGAGCTTCACCTCCTCCGGCAAAA244CCTTCTCCTTCTACGACCCCCTCGGCCGAGTCGACTCGCTCCGCATCGAC
TSA: Raphanus sativus var. sativus RNA, contig: WG3_15840.
FX662348.1:329-348
CCGTGACGAGCTTCACCTCCTCCGGAAAAA329CCTTCTCCTTCTACGACCCCCTCGGCCGAGTCGACTCGCTCCGGATCGAC
TSA: Brassica rapa x Raphanus sativus RNA, contig: BB3_29854.
FX792250.1:291-310
CCGTGACGAGCTTCACCTCCTCCGGAAAAA291CCTTCTCCTTCTACGACCCCCTCGGCCGAGTCGACTCGCTCCGGATCGAC
Wolffia australiana isolate 7733 chromosome 11.
CP092610.1:2556568-2556587
AACCTACATTCTTCATGGACGATGTCTTTT2556568CCTTCTCCTTCTACGACCCCGATTGGGAGAGAGAATCCTTGAATCTTCTG
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 4.
LR778313.1:40947663-40947682
CCGTGACGAGCTTCACCTCCTCCGGCAAAA40947663CCTTCTCCTTCTACGACCCCCTCGGCCGAGTCGACTCGCTCCGGATCGAC
Microcaecilia unicolor genome assembly, chromosome: 4.
LR594635.1:71978849-71978868
AGGGGAACAGCAGAAAAGAGAAAGGGACTA71978849GGGGTCGTAGAAGGAGAAGGGAAACAGAGCAACTTGATTAAGTGGGAAAG
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 5.
OY743211.1:3085287-3085306
GTCGATCCGGAGCGAGTCGACTCGGCCGAG3085287GGGGTCGTAGAAGGAGAAGGTTTTGCCGGAGGAGGTGAAGCTCGTCACGG

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/CCTTCTCCTTCTACGACCCC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : CCTTCTCCTTCTACGACCCC | format : html | download : | debug : 

0.008 | 0.008 | search_start;
0.177 | 0.169 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CCTTCTCCTTCTACGACCCC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.198 | 0.020 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GGGGTCGTAGAAGGAGAAGG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=45
0.199 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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