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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-03-14 21:52:51, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

RR4GW68JQ RR4(PB) Raphanus raphanistrum subsp. landra cDNA 3', mRNA sequence.
FD985022.1:655-676
ATGAGTGTGTTGACCTTCGTAAGTTGTCAT655GACGATGGAAGGATTATCGGAGGATCTCTCCACTCTCTTCTTCACTCCACAA
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 1.
LR778310.1:13587288-13587309
ATGAGTGTGTTGACCTTCGTAAGTTGTCAT13587288GACGATGGAAGGATTATCGGAGGATCTCTCCACTCTCTTCTTCACTCCACAA
Raphanus sativus genome assembly, chromosome: 6.
OY743212.1:13587288-13587309
ATGAGTGTGTTGACCTTCGTAAGTTGTCAT13587288GACGATGGAAGGATTATCGGAGGATCTCTCCACTCTCTTCTTCACTCCACAA
RS2BZ42TF RS2(RS) Raphanus sativus cDNA 5', mRNA sequence.
EX895847.1:167-188
TTGTGGAGTGAAGAAGAGAGTGGAGAGATC167CTCCGATAATCCTTCCATCGTCATGACAACTTACGAAGGTCAACACACTCAT
RR4GW68TF RR4(PB) Raphanus raphanistrum subsp. landra cDNA 5', mRNA sequence.
FD989208.1:220-241
TTGTGGAGTGAAGAAGAGAGTGGAGAGATC220CTCCGATAATCCTTCCATCGTCATGACAACTTACGAAGGTCAACACACTCAT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GACGATGGAAGGATTATCGGAG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GACGATGGAAGGATTATCGGAG | format : html | download : | debug : 

0.008 | 0.008 | search_start;
0.187 | 0.178 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GACGATGGAAGGATTATCGGAG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.353 | 0.166 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CTCCGATAATCCTTCCATCGTC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=47
0.354 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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