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データベース:

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 : 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 +方向のみ検索 -方向のみ検索

2025-04-06 09:23:50, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます(ミスマッチ挿入欠失

Dianthus caryophyllus mRNA, clone: CES07C06, 5' end sequence.
FY384795.1:235-254
TTGGAAGCCGAGGATGATCTTGAGCTCCTG235GAGAAGGTCAAGCAAGACCGTAAAAAGAGGCTTCAAAGACAGGGAATTAT
TSA: Dianthus caryophyllus mRNA, contig: CAK09.599.C1.
FX297739.1:369-388
TTGGAAGCCGAGGATGATCTTGAGCTCCTG369GAGAAGGTCAAGCAAGACCGTAAAAAGAGGCTTCAAAGACAGGGAATTAT
TSA: Dianthus caryophyllus mRNA, contig: CAK09.599.C2.
FX297740.1:184-203
ATAATTCCCTGTCTTTGAAGCCTCTTTTTA184CGGTCTTGCTTGACCTTCTCCAGGAGCTCAAGATCATCCTCGGCTTCCAA

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GAGAAGGTCAAGCAAGACCG
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GAGAAGGTCAAGCAAGACCG | format : html | download : | debug :

0.009 | 0.009 | search_start;
0.181 | 0.172 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GAGAAGGTCAAGCAAGACCG&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.199 | 0.019 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=CGGTCTTGCTTGACCTTCTC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=48
0.200 | 0.001 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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