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ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-07 17:52:11, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Malus domestica genome assembly, chromosome: 2.
OU744954.1:3447792-3447813
ACAATAAGAAAACTTTTTTTGAGAGTTCAT3447792GATATCCTTTGTTTGGACAACCATTTCCAAAGGCATGCCAACTAAAGAGCTC
Malus x domestica NBS-LRR resistance gene-like protein ARGH17 gene, partial cds.
AY369216.1:433-454
GAGCTCTTTAGTTGGCATGCCTTTGGAAAT433GGTTGTCCAAACAAAGGATATCATGAACTCTCAAAAAAAGTTTTCTTATTGT
Malus x domestica clone Florina BAC 36I17, complete sequence.
GU295057.1:15045-15066
GAGCTCTTTAGTTGGCATGCCTTTGGAAAT15045GGTTGTCCAAACAAAGGATATCATGAACTCTCAAAAAAAGTTTTCTTATTGT
Malus domestica cultivar GMAL 2473 clone BAC 32A4 Rvi15 scab resistance gene locus, partial sequence.
KF055410.1:7685-7706
GAGCTCTTTAGTTGGCATGCCTTTGGAAAT7685GGTTGTCCAAACAAAGGATATCATGAACTCTCAAAAAAAGTTGTTTCTTATT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/GATATCCTTTGTTTGGACAACC
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : GATATCCTTTGTTTGGACAACC | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.094 | 0.085 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GATATCCTTTGTTTGGACAACC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.116 | 0.022 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=GGTTGTCCAAACAAAGGATATC&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=49
0.118 | 0.002 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
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